作为财政资金运作方式的一场根本性的改变，国库集中支付制度改革是整个预算执行机制的创新，同时也是财政收支管理制度的创新，其中市级国库集中支付制度改革又是整个改革的重要组成部分。经过几年来财政部门、预算单位和代理银行的共同努力，我国市级国库集中支付制度改革已经取得了一些成效，实现了国务院确定的全面推行财政国库管理制度改革的目标，确立了国库集中支付制度在财政财务管理中的基础地位。但市级国库集中支付的改革进程中还存在着许多亟待解决的问题，如不规范的国库单一账户体系及资金管理、落后的部门预算管理体制、落后的资金风险监控体系、不完善的代理银行准入制度、落后的技术支持系统、空缺的地方国库现金存量管理等问题。完善与社会主义市场经济相适应的国库集中支付制度改革，以此促进金融体制和财税体制改革，对于更好地发挥稳健的货币政策与积极的财政政策具有深远的理论和现实意义。本文回顾了我国市级国库集中支付制度改革的历程，详细综述了委托-代理理论及国库集中支付制度的理论文献，分析了改革存在的问题及成因，针对财政与预算单位间、财政与代理银行间的双重委托代理关系，构建了市级国库集中支付制度改革中双重委托代理关系模型，依据模型的分析结果，提出了改革的优化措施，在此基础上，对南京市国库集中支付制度改革进行了案例分析，提出了完善市级国库集中支付制度改革的一些可行性、合理性的建议和对策。