cDNA芯片重复探针检测值的一致性

来源 :哈尔滨医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:hanyunba
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通过SOURCE数据库对四套cDNA数据的探针进行注释,分析对应同一条Unigene的多个探针的检测值(即重复检测值)之间的相关性。采用两种常规方法处理重复检测值,比较这两种处理方法对筛选差异表达基因的影响。结果显示:Unigene的重复检测值之间存在一定比例的负相关;更新探针注释数据后的重复检测值之间的低相关比例减少,高相关比例显著提高;重复点样探针之间的相关性高于其它重复检测值,但是仍有很多低相关;采用了两种不同的处理重复检测值的方法,对不同方法处理后的表达谱数据分别采用SAM与T-test方法筛选差异表达基因,结果显示对应不同处理重复检测值的方法但同一筛选差异表达基因方法下的差异表达基因的重合率较高,即不同的处理重复检测值的方法对于筛选差异表达基因的影响不大。
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