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2006～2008年广西“高热”病期间,本研究通过RT-PCR的方法从广西不同县市的猪血清、流产胎儿、粪便、肺脏、淋巴结、肾脏中扩增得到25株PRRSV的部分Nsp2、ORF5、ORF6、ORF7基因。这四个基因与2005年以前的国内PRRSV分离毒株CH-1a、BJ-4、HB-1、HB-2、HN1的核苷酸同源性分别为77.1%～95.3%、81.9%～97.2%、92.0%～99.0%、85.2%～98.1%,氨基酸同源性分别为55.1%～94.0%;76.0%～95.0%、94.8%～98.9%、77.2%～96.0%,与2006-2007的国内PRRSV变异株JXA1、JX0612、HuN、HuN4、HuB1、HEB1的核苷酸同源性分别为96.3%～99.3%、91.5%～99.7%、98.7%～100%、93.0%～100%,氨基酸同源性分别为74.7%～98.8%、84.1%～100%、97.7%～100%、83.7%～100%,可见本研究毒株与2006-2007年分离的变异株同源性较高;遗传进化树分析表明本研究流行毒株属于美洲型的Ⅱ亚群,与JXA1、JX0612、HuN、HuN4、HuB1、HEB1分布在Ⅱ亚群的同一个分支,亲缘关系较近,这表明本研究毒株与PRRSV变异株可能来源于同一个祖先。通过GP5的遗传变异分析发现,广西的PRRSV变异并没有明显的地域性,Ⅱ亚群毒株在广西各县市都有分布;但从时间上分析,2003～2005年的广西毒株和2006～2008年的广西毒株分别分布在Ⅱ亚群的两个分支上,且在9aa、16aa、94aa、185aa位点,本研究毒株与JXA1、JX0612、HUB1、HEB1、HUN、HUN4的变异相同,而2003～2005年的广西毒株却极少发生变异;在54aa、59aa、104aa位点,2003～2005年的广西毒株发生了变异,而本研究的毒株却鲜少发生变异。在GP5中的R13、R151以及M蛋白中的Q16这3个病毒毒力致弱的相关位点,本研究毒株均未发生改变,但位于GP5蛋白中的病毒首要中和表位发生了变异:L39→I39。在Nsp2氨基酸序列中发现,25个毒株序列的第482和第534～562位出现了1个和29个氨基酸的缺失,但这30个氨基酸的缺失可能不会对病毒的生长动力学产生明显影响。