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中华鳖(Pelodiscussinensis)是我国重要名特优水产，具有较高的食用和药用价值。了解中华鳖的遗传多样性水平、遗传结构及遗传分化程度，对其种质资源评价、保护和合理利用具有着重要理论指导意义。本文利用ISSR（简单序列重复区间扩增多态性，inter-simplesequencerepeat）分子标记技术，对中华鳖淮河群体和台湾群体的遗传多样性进行分析，主要结果如下：1.利用正交试验方法，经优化，建立了中华鳖ISSR-PCR最佳反应体系，即25μL反应体系中含0.4μmol/LISSR引物、30ng模板、2.5mmol/LMg2+、0.2mmol/LdNTPs和0.2UTaq酶。确立了PCR的最佳扩增程序，每个循环包括：94℃变性40s；（52-58℃）退火45s，72℃延伸60s；一共循环40次，首次循环前先94℃预变性5min，最后一次循环结束后72℃延伸10min。2.筛选出8个ISSR引物，对2个地理群体共37个中华鳖的基因组DNA进行ISSR-PCR扩增，共检测到77个位点，多态位点47个，多态性比例为61.04％。经POPGENE软件分析淮河群体和台湾群体多态位点比例分别为59.57%和51.06%；有效等位基因分别为1.5603和1.5222；Nei的基因多样性分别为0.1657和0.1524；Shannon信息指数分别为0.2164和0.1977。结果表明2个中华鳖群体的遗传多样性较为贫乏，淮河群体遗传多样性水平略高于台湾群体。3.基于Nei的基因多样性计算出中华鳖两群体间的遗传分化系数Gst为0.0796，说明两群体存在中等的遗传分化。由Gst计算的种群间基因流Nm为5.7778，两群体的基因交流水平较高。根据Nei的公式计算群体间的无偏遗传距离(D)，中华鳖两群体间遗传距离为0.0837，小于0.2，说明两个群体遗传分化水平已处于地理群体分化水平，UPGMA聚类分析显示37个个体聚成两个类群，表明2个养殖群体经过较多世代的人工选育与繁殖可能形成了趋于稳定的独立遗传结构。