由于股权分置等原因，我国的上市公司面临严重的国有股绝对控股问题，而机构投资者通过持股以分散股权并参与公司治理,既是证券市场的阶段性产物，也是机构投资者的必然选择。尤其是在股权分置改革以后，机构投资者的话语权不断增强，在公司中的地位显著上升，无论是从外部监督视角还是从参与公司内部治理视角，投资机构都发挥了很大的积极作用。本文以2004-2012年为研究期间，以763家国有控股上市公司为研究样本,引入管理层薪酬偏离（COMPEN），联合市净率（MBR）和净资产收益率（ROE）一起作为被解释变量进行实证分析，重点分析机构投资者参与公司治理的效应。研究发现：（1）在国有控股上市公司中，机构投资者参与公司治理能发挥积极效应，且机构持股相对控股股东的持股比例越高，这种积极效应越明显；（2）通过对比股改前后的回归结果，笔者发现，股改后的数据相对于股改前均有所改善，正相关的系数数值有所增大，负相关的系数数值有所减小。在此研究基础上，提出可以通过机构投资者改善国有控股上市公司的治理，但这不是只要哪一种要素单方面成熟就可以实现的，它不仅需要不断壮大机构投资者规模，建立多元化的机构投资者群体，改善资本市场，创造宽松的投资环境，同时还要对投资机构进行严格监控，激发他们之间的良性竞争，加快实现全流通步伐，进一步推进国有企业改革。希望本文的分析，能为股权分置改革后改善我国国有控股上市公司的股权结构及公司治理提供参考。