为了应对和缓解农村居民因病致贫、因病返贫的社会问题，深化和加快农村社会保障体系的建设和发展，2002年，国家决定重新推出农村合作医疗制度。农村合作医疗制度的建立，对于改善农村医疗卫生环境、提高农村居民健康水平有积极意义。2003年8月，经国务院和省政府批准，昆明市的安宁市、寻甸县作为第一批新型农村合作医疗制度试点县，启动了国家试点新型农村合作医疗工作。截止目前，昆明市新型农村合作医疗制度框架及运行已基本成熟。　　在此背景下，本文对昆明市新型农村合作医疗的制度建设、组织管理及基金运行情况进行了综述，通过2009-2010年云南省、昆明市新型农村合作医疗统计报表，及2009-2010年度昆明市12个县（市、区）开展新型农村合作医疗参合情况、资金筹集、门诊费用补偿、受益率等资料，分析昆明市新型农村合作医疗制度的运行情况，基金运行的经验、存在的问题。研究发现:昆明市新型农村合作医疗整体呈良性发展态势，基金运行基本平稳、参合率稳定上升，患者、资金主要流向省市级、县级医疗机构;实际补偿比、受益率较低;费用控制良好。在此基础上，论文提出以下建议:在农村广大范围内开展宣传和动员活动，积极为农民了解新型农村合作医疗制度提供渠道;进一步优化和完善以政府资助为主的多方筹资的长效机制;研究商定科学合理的起付线、封顶线和补偿比例标准，对“住院统筹+门诊统筹”补偿方案认真研究，合理优化;补偿方案应照顾经济困难又符合标准的群体，以体现新农合的公平性;增强对医疗机构的监督和管理力度，合理控制医药费用的增长;加强农村卫生服务网络建设以及乡、村两级卫生机构建设;完善和健全基金管理制度，使基金健康运行;相关部门应增强经费支持力度，提高新型农村合作医疗制度管理水平，加强新型农村合作医疗制度经办机构能力建设。