实验红鲫线粒体DNA条形码和核胁迫下HSP70表达的分析

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目的:1.为进一步完善实验红鲫C1HD系遗传背景研究,建立实验红鲫C1HD系的线粒体分子标记,开展了实验红鲫C1HD系线粒体DNA条形码分析。2.为推广实验红鲫在核辐射生物学效应方面的应用研究,探讨了137Cs辐射对实验红鲫HSP70表达的影响。方法:1.设计引物对验红鲫C1HD系、金鱼、同源二倍体金鱼和同源二倍体红鲫、鲫和白鲫等6种鱼类的鲫属鱼类线粒体COI、COIII、Cytb和D-loop基因进行PCR扩增,目的条带经回收、转化后进行测序,获得测序结果。以鲤鱼为外类群,结合NCBI中下载的序列,分别对每个基因的序列特征进行分析,并计算种间和种内遗传距离,分析系统进化关系。2.通过测序得到实验红鲫、同源二倍体金鱼、同源二倍体红鲫和金鱼线粒体基因组全序列,对实验红鲫线粒体基因组全序列的结构特征、碱基组成和密码子使用频率进行分析。最后,结合NCBI中下载的有关鲫属鱼类的线粒体基因组全序列构建系统进化树。3.根据实验红鲫137Cs辐射的LD50/30,设计4.1Gy、6.1Gy、8.2Gy辐照剂量组与空白对照组,用辐照仪对实验红鲫C1HD系进行137Cs-γ外照射,辐照结束再饲养1天后提取实验红鲫肝脏肾脏组织,按Western blot方法检测HSP70蛋白表达量。结果:1.碱基组成分析结果显示,所研究的几种鱼类的线粒体COI、COIII、Cytb和D-loop基因碱基组成上A+T含量均高于G+C。基于COI、COIII、Cytb和D-loop计算的种间平均遗传距离分别为5.21%、3.8%、6.1%、5.5%,种内平均遗传距离分别为0.18%、0.1%、0.13%、0.21%,种间平均遗传距离分别是种内平均遗传距离的28.6倍、38倍、46.9倍、26.1倍。种间遗传距离均符合10倍以上种内遗传变异阈值标准。基于COI、COIII、Cytb和D-loop基因序列构建的进化树聚类结果基本一致,进化树可以分为两大支,外类群鲤鱼独聚一支,所有的鲫属鱼类聚为一支,实验红鲫与金鱼聚在一支,大眼鲫与兰氏鲫聚在一支,其他鱼类均可单独形成一支,与分类学的结果一致。2.对实验红鲫、同源二倍体金鱼、同源二倍体红鲫和金鱼的基因组序列进行测序,得到16581bp的序列。实验红鲫线粒体基因组包含13个编码蛋白质的基因,22个tRNA和2个rRNA,及两个非编码区。线粒体基因之间排列较为紧密,间隔区较短,且某些基因之间存在序列重叠。在碱基组成上,除OL区外,其他线粒体基因组的各部分均显示对AT偏倚,第三位密码子也表现出对AT偏倚。从进化关系来看,基于线粒体基因组和13个编码基因构建的进化树与单个基因构建的进化树拓扑结构一致。3.核辐射胁迫可诱导实验红鲫肝脏肾脏组织中HSP70蛋白表达量增加。结论:1实验红鲫线粒体COI、COIII、Cytb,D-loop基因及线粒体全基因组均具有种质保守性,即具有物种特异性的核苷酸序列,且A+T含量高于G+C。2基于COI、COIII、Cytb,D-loop线粒体基因可作为实验红鲫区分其他鲫属鱼种的DNA条形码标记,但不能区分种内品系。3一定剂量的137Cs外照射可引起实验红鲫肝脏肾脏Hsp70蛋白表达量升高。
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