复杂环境中生物膜的构象变化及其介导的多颗粒协同效应模拟研究

来源 :中国石油大学(华东) | 被引量 : 0次 | 上传用户:gjx0128
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
细胞是组成生物体的基本结构和单元,是生命活动的载体和重要参与者。作为细胞屏障的生物膜经常参与到细胞的许多活动中。在这个过程中,生物膜会主动或被动地形变以实现特定功能。目前,相关研究人员分别从实验、模拟和理论计算的角度深入探究了生物膜的结构、性质和功能。但是由于生物膜结构的多样性和功能的复杂性,某些生物膜结构的变化及引发的后续行为尚未明确。在本文中,我们利用耗散粒子动力学的模拟方法,以管状生物膜和平板状生物膜为典型模型,研究了生物膜的构象变化以及由其介导的多颗粒协同效应。利用相关磷脂模型和链状聚合物模型,构建出膜管-聚合物共存体系,通过改变聚合物的性质得出聚合物对膜管形变的影响,并得出了聚合物产生影响的热力学和动力学原因。通过在生物膜同侧或两侧添加纳米颗粒,研究了纳米颗粒吸附产生的曲率之间的相互作用及其介导的跨膜动力学行为。主要研究内容概括如下:(1)生物聚合物抑制膜管构象变化通过调整膜管内外水分子数目和压力,构建出处于非稳态且可发生珠链状形变的膜管结构。为模拟生物分子的影响,构建了链状聚合物模型。利用聚合物替代膜管内等量水分子,发现了长度较长的聚合物对膜管形变具有更强的抑制效果。同时,即使聚合物长度相同,膜管形变的抑制效果随聚合物的刚性上升而凸显。通过设计该体系自由能算法,表征了膜管形变期间各组分自由能变化。自由能计算结果表明:持续长度较长的聚合物会在膜管形变区域抑制膜管收缩,并且会消耗更高的弯曲能即产生更高能垒以抑制膜管形变。通过聚合物动力学行为分析,发现持续长度较长的生物分子具有更大概率充斥在膜管形变区域以抑制膜管形变。因此,本工作证明了:生物分子在膜管内的运输可有效抑制膜管形变,提升膜管稳定性。该工作中的自由能计算方法的开发设计将辅助该领域研究人员更深入的探究膜管体系的热力学行为,并为该领域研究工作提供一定的指示意义。另外,该研究为真实复杂细胞环境下的超长膜管稳定存在提供了新的机理解释,并为实现生物膜管的形貌调控提供了理论指导。(2)生物膜构象变化介导的多颗粒协同效应在生物膜同侧和两侧分别放置纳米颗粒,探究了膜曲率之间的相互作用及其介导的协同效应。研究结果表明:在纳米颗粒相距较近时,生物膜产生的同侧或异侧曲率会相互感应并发生耦合。曲率耦合可以进一步降低膜的弯曲能从而降低纳米颗粒的跨膜能垒,使纳米颗粒之间产生协同性并促进其跨膜。与同侧曲率耦合不同的是,异侧曲率耦合时不会损失吸附能,因此可以更有效地促进颗粒跨膜。此外,跨膜相图的分析表明:同侧和异侧的曲率耦合以及纳米颗粒的跨膜模式由纳米颗粒距离、膜张力和吸附强度共同决定。最后,通过放置不同尺寸的纳米颗粒和多个纳米颗粒,研究了更加复杂曲率间的相互作用。非对称性曲率相互作用和多颗粒体系跨膜的研究表明:曲率耦合可以更有效辅助小纳米颗粒跨膜,并且多纳米颗粒在跨膜时存在动力学陷阱。由于目前生物膜的复杂性尚未被充分考虑,因此,本工作从模拟的角度引导了该领域对生物膜更深层次的研究。上述膜构象变化介导的协同效应深入地揭示了膜曲率在细胞生命活动中的重要意义,并且也为相关载药纳米颗粒的设计和优化提供了潜在的理论支持。综上所述,本工作系统研究了管状生物膜和平板状生物膜的构象变化及其影响因素,进一步的考察了平板状膜结构的构象变化所引发的曲率间相互作用和多纳米颗粒协同效应,在解释管状膜结构的稳定性和膜曲率的重要性等方面提供了新的认识。
其他文献
报纸
环二肽是由两个氨基酸通过肽键环合形成,是自然界中最小的环状肽。由于其存在两个酰胺键即四个可以形成氢键的位点,环二肽可以在氢键分子相互作用的驱动下有序聚集,具有高度自组装的倾向。环二肽由于其稳定的六元环分子结构而具有独特的分子刚性,同时,环二肽还具有良好的生物相容性以及特殊的光电等物理特性使得其成为构筑生物材料的候选者之一。本文主要研究了四种环二肽c-SF、c-SY、c-SH和c-DF的自组装行为以
学位
我国煤炭资源丰富,煤焦油作为炼焦副产物产量极大。因此,煤焦油的高效利用非常有必要。本文采用实沸点蒸馏和溶剂萃取方法,对陕北地区鞍钢、神木三江两种中低温煤焦油特定窄馏分和亚组分进行了分离和分析,采用糠醛、正庚烷为萃取溶剂,萃取分离250~270℃、270~300℃馏分段煤焦油,萃取率分别可达85%、88%左右。通过测定分子量、核磁、H分布分析了陕北地区两种中低温煤焦油(鞍钢、神木三江煤焦油)亚组分的
学位
胶原蛋白是动物细胞外基质(ECM)的重要组成部分,其在细胞的生长、迁移以及组织的形成、功能中发挥着重要作用,被认为是一种可广泛应用于组织工程、细胞工程,的生物材料。近年来,由于人畜共患疾病的频发以及宗教原因,传统陆源动物胶原蛋白的生产和应用受到限制,水生生物来源的胶原蛋白引起了人们的广泛关注。中国是水产大国,在水产品加工过程中会产生大量的鱼头、鱼皮、鱼骨等下脚料,造成了巨大的资源浪费和环境污染。其
学位
核酸在生物的遗传过程中扮演着重要的角色,核酸的基本组成单元是核苷酸,核苷酸由碱基、戊糖和磷酸组成,随着科学技术的发展,国内外越来越多的科研工作者投身于对核酸药物的研究。核酸药物研究主要是人们对天然的核酸进行化学修饰,提高细胞对核酸药物的摄取力及对核酸酶的抗性等,化学修饰的方式主要是对核苷的碱基、戊糖、磷酸二酯键进行结构的改进,从而改变所形成核酸的生物化学性质,实现人们对核酸药物的需求。本文针对核酸
学位
目的:分析标准化超声刀止血和双极电凝止血应用于卵巢囊肿手术中的效果。方法:本次研究从山东大学齐鲁医院2021年2月-2022年5月收入的卵巢囊肿手术患者中随机抽取78例,按照随机数表法将其分为了观察组和对照组两组。对照组接受双极电凝止血,观察组接受标准化超声刀止血,对比治疗结果。结果:观察组的综合治疗有效率更好,手术时间更短且出血量更少,住院时间更短,指标对比对照组(p<0.05);手术后观察组的
期刊
自然界中很多生物具有根据周围环境的变化而改变表面颜色的特点,受其启发,制备具有对周围环境响应的仿生变色材料在近年来成为研究的热点。将光子晶体与刺激响应性智能材料水凝胶相结合形成光子晶体水凝胶,能使其衍射光随外界刺激而变化,从而实现对外界刺激的光学响应。目前温度响应性光子晶体水凝胶的研究主要以形成长程有序的胶体光子晶体为模板,直接在温敏水凝胶中形成非紧密接触排列,或被刻蚀掉形成反蛋白石结构,从而使其
学位
目的 通过分析双极电凝系统与超声刀治疗甲状腺癌术后甲状旁腺功能的改变及术后引流液成分,比较两种治疗方法的安全性。方法 回顾性分析行手术治疗的126例甲状腺癌患者的临床资料,根据治疗方法的不同,将患者分为两组。双极电凝组(61例)采用双极电凝系统治疗,超声刀组(65例)采用超声刀治疗。比较两组手术相关指标、术前及术后1 d的血清甲状旁腺激素(PTH)、血钙、血磷及炎症因子水平、术后1 d引流液的性状
期刊
节旋藻(Arthrospira)因营养全面、富含优质蛋白和多种生物活性物质而受到国内外广泛关注,国内养殖主要有钝顶节旋藻和极大节旋藻两种。但近50年来节旋藻种质退化现象明显、种质鉴定方法滞后、藻蓝蛋白等活性物质积累的分子代谢机制仍不明确,严重限制了节旋藻产业的高速发展和转型升级。本论文针对该问题,收集来自全国一线生产企业及研究单位的60份节旋藻样本,对节旋藻进行种质鉴定、附生微生物分析及节旋藻重要
学位
新型药物和基因载体体系的构筑可以提高治疗效果,降低治疗过程中所产生的副作用。本课题基于肽自组装,开发构筑了高效的药物和基因载体体系。通过合理的分子设计提高了分子的自组装能力,调控了自组装体形貌;并通过在分子中引入特殊功能基团提高了体系的细胞靶向性和生物功能,增强了其与细胞膜的作用。研究一方面建立了分子结构与其自组装行为、自组装体形态与其药物负载和输送能力之间的关系;另一方面,发现所设计肽自组装体系
学位