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干旱是自然界中最主要的非生物胁迫因素，对玉米生产有巨大的影响。要很好的解决这个问题，最有效策略是选育并推广耐旱性好的玉米新品种。然而，耐旱性是复杂的数量性状，受多基因控制且需要在特定的环境下才能进行鉴定，用传统的育种方法对玉米进行耐旱性遗传改良效率很低。分子标记的迅速发展与应用，给玉米抗旱性的研究提供了新的机遇。分子标记可以作为一种的有效辅助手段，大大提高传统育种效率，为玉米耐旱性育种带来新的思路。本研究利用齐319（耐旱）×9905（不耐旱）这对组合构建SSR标记的分子标记连锁图谱，并对这个组合的220个F2：3家系在干旱胁迫和正常灌溉两种水分条件下进行耐旱性相关性状鉴定，分析了控制玉米耐旱相关性状的QTL位点及其遗传效应，探索玉米耐旱性的分子遗传机制，为改良玉米耐旱性提供参考依据。本研究的主要结果如下：
1、对220个F2：3家系的耐旱性鉴定的结果表明：除散粉吐丝间隔期（ASI）以外，各耐旱相关性状的变异系数在干旱胁迫条件下均比正常灌溉条件下增加；产量相关的ASI性状可用作鉴定玉米耐旱性的次级性状。
2、利用共显性的67个SSR标记构建了覆盖玉米十条染色体组的分子标记连锁图谱。该图谱的累计总长度为1032.9cM，标记间平均间距为16.27cM。对这些分子标记的排列顺序与位点进行比较，该连锁图谱与玉米基因组数据库中所公布的玉米整合图谱具有较高的一致性。但由于标记数目相对较少，部分标记间的间隔较大。
3、用复合区间作图法（LOD≥2.0），对两种环境下的4个耐旱相关性状进行QTL检测。总计检测到14个QTL位点，其中正常灌溉条件下6个、干旱胁迫条件下8个QTL，这些QTL的遗传效应以超显性和部分显性（各6个）为主。
4、对各耐旱相关性状的QTL定位结果的分析表明，本研究中定位的QTL在十条染色体间分布不均，在特定染色体内也是成簇分布的。本研究所选用组合的耐旱相关性状的QTL在第1染色体上的分布频率较高。