2016年《关于在市场体系建设中建立公平竞争审查制度的意见》和2017年《公平竞争审查制度实施细则(暂行)》的颁布,标志着我国公平竞争审查制度体系框架的正式确立。公平竞争审查制度是指由政策制定机关对可能涉及市场竞争的公共政策进行审查,判断其排除限制竞争的合理性,从而规范政府行为,防止出台排除、限制竞争的政策措施。公平竞争审查制度是我国确立竞争政策基础性地位迈出的关键一步,是维护市场公平竞争的一项重大制度性安排,是规制行政垄断的一项创新性的顶层设计,对全面深化改革,进一步厘清政府与市场的边界、促进经济健康持续发展具有重大而深远的意义。新制度经济学是研究制度本身的产生、演变及其与经济活动关系的经济学分支学科,重点研究制度的构成和运行,分析人、制度与经济活动以及它们之间的相互关系。本文选择新制度经济学理论作为研究的理论基础,为公平竞争审查制度研究提供了独特的视野。首先,在新制度经济学制度观下对公平竞争审查制度的内涵和功能进行解读,以此作为论文的逻辑起点。基于制度变迁理论对公平竞争审查制度变迁特征分析,公平竞争竞争制度是以国家为变迁主体进行“自上而下”的强制性制度变迁,制度变迁动因则是在制度环境变化的外动因和制度非均衡的内动因双重作用下进行的,而且在制度变迁过程中呈现出路径依赖的特征。其次,基于制度变迁理论和委托代理理论从不同视角对制约公平竞争审查制度实施的因素进行分析。在制度变迁理论视角下,公平竞争审查制度变迁中的“时滞”造成了制度缺失问题,主要表现为“自我审查”核心机制的不完善和配套制度供给滞后,制度供给不能满足制度需求,从而导致制度实施低效;在委托代理理论视角下,基于政府理性经济人的假设下,各主体由于利益函数不一致而进行的利益博弈制约着公平竞争审查制度实施。地方政府与中央政府的利益博弈导致公平竞争审查制度实施中的“央—地”委托代理机制失灵;地方政府与其他地方政府竞争博弈中常常采取的策略就是实行地方保护、封锁市场,这与公平竞争审查制度建设统一开放、竞争有序市场体系的目标相悖,因此想要地方政府主动实施公平竞争审查就无从谈起了。最后,为完善公平竞争审查制度提出对策建议。不论是从制度变迁理论还是委托代理理论而言,都需要建立一套完备的激励约束监督机制来保障有效制度实施。因此从落实第三方评估机制、建立公平竞争审查激励机制、强化公平竞争审查责任追究机制、完善公平竞争审查社会监督机制几个方面提出具体完善措施;此外,非正式制度可以减少制度变迁的摩擦,降低正式制度实施成本。因此公平竞争制度的顺利推进还需要加强非正式制度建设,主要是竞争文化的培育。