保护水资源、合理利用水资源已成为我国自然环境与自然资源保护中的一项重大任务。水资源的短缺和污染目前已经成为我国可持续发展的瓶颈，更是未来20年我国实现全面建设小康社会目标所面临的严峻挑战之一。中国水资源问题的症结在于对水资源的经济和生态价值及二者关系不正确认识和由此导致的制度失当。要解决这个问题，一方面要加强水资源法律制度的完善;另一方面要在市场层面选择诸如水资源税等这些经济手段加以调节，这样水资源可持续发展利用的终极目标才可望逐步实现。　　1)我国水资源人均数量少，被联合国列为13大贫水国之一，因水资源造成的直接损失高达2000亿元。水资源供需矛盾加剧、利用方式粗放、利用率低，污染严重。这些严峻的形势，急需国家采取有效的措施加以调整改善。现阶段，我国主要采用水资源费和取水许可证、总量控制等方式对水资源的利用加以调节，然而这些措施并没有能够有力的改善水资源严峻的形势。　　2)资源税本质上应当对所有的自然资源税课征，以有效的保护资源、环境。我国资源税制定初期，因种种原因，仅仅对部分矿产品和盐征收了资源税，随着水资源和保护问题的突出，改革资源税，征收水资源税以迫在眉睫。水资源税是指为保护水资源，对在我国境内开采、加工、消费以及污染水资源的单位和个人，就其开采、消费量、开采收益以及污染量征收的一种资源税。　　3)同水资源费相比，水资源税具有很多优点:符合国家税费改革和政府转变职能的总体要求;节省行政管理成本等等。对用水量的限额控制这一行政手段应当让位于市场手段，由市场手段来决定资源的有效配置;同时水资源税累进税制的设计可以达到对用水量限制的作用。因而，水资源税可以取代水资源费，与取水许可证制度、用水量限额控制等措施搭配保护水资源，促进水资源的合理配置。我国水法明确规定水资源归国家所有，根据国有资源有偿使用原则，国家应当对水资源开征资源税。资源地租说认为:资源地租是自然资源所有者根据其对自然资源的产权和自然资源利用的排他性，向自然资源使用者所收取的自然资源利用收益的一部分，又称资源净价格，对于水资源，称为天然水资源价格。外部性理论认为因为水资源的利用会给社会带来外部效应，因而国家应当征收水资源税以提高私人成本，进而弥补社会成本，同时对资源税的过度开采、不当利用的后果可以延伸到代际和国别，因而应当开征水资源税以对这种行为加以有效调节。水资源自然物质公共财产特性引出的公共物品论等等也为水资源税的开征提供了法律和理论的依据。　　4)水资源税这一概念在我国并不是第一次出现，其实我国早在2000多年前就开始征收水资源税了。当时征收水资源税主要是用于水利灌溉工程的建设和维修。我国古代水资源税在灌溉水税的征收上表现比较明显。灌溉通过水利工程才能实现，工程的兴建和维护需要经费投入，古代的农田水利工程建设或有政府出资，或集体组织兴建，获得灌溉的农田因而提高了产量，所以受益农田较之其他无灌溉工程农田的田租有所增加，增加值的一部分还原为工程建设和维修费用，以实现新的循环，这个田租的附加值就是水资源税。可见水资源税是实现工程管理的关键措施之一。国外很多国家也已经开征了水资源税，为我国开征水资源税提供了较为成熟的经验。国外征收水资源税大致可分为三种，一种是对水资源的开采和使用而征的税。例如澳大利亚的新南威尔士州，从1989年起对水征收环保税;丹麦对所有自来水课税;第二种是因为污染而征收的税入水污染税，例如荷兰从1969年开始征收地表水污染税，德国已经建立了完善的水污染征收制度;第三种是，对水资源的开采和使用以及水污染行为均征税，例如《俄罗斯联邦税收法典》中规定的水资源税。　　5)我国水资源税在坚持公平、效率等原则的基础上，设计较为合理的税制，可以有效地保护水资源，促进水资源的合理利用。水资源税课税对象的设计应当既要全面又要符合具体国情。税率的设计根据课税对象分类而制定不同的形式和大小，税率设计要充分考虑水资源税对水资源利用的控制与调节作用，过高会阻碍经济健康发展，过低又起不到作用。水资源税应当是一项中央和地方的共享税中，由地方税务机关负责征收管理。由于我国农村生活、灌溉用水较多，农民收入还比较低，要充分考虑水资源税的减免，支持农村经济社会发展。