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文章首先针对常用于水生动物种群遗传多样性分析的RFLP（RestrictionFragment Length Polymorphism，限制片段长度多态性）、AFLP（amplified fragmentlength polymorphism，扩增片段长度多态性）、RAPD（Random amplified polymorphicDNA，随机扩增多态DNA）、SSR（simple sequence repeat，简单序列重复扩增）和ISSR（inter-simple sequence repeat，简单序列重复区间扩增多态性）等技术方法进行了较为系统全面的比较、归纳、分析，并根据这些DNA指纹技术在各种水生动物研究中的应用实例，探讨和阐述了其优缺点，为水生生物遗传多样性研究找出最适合的试验方法。本文的研究对象是松江鲈鱼，松江鲈鱼作为国家二级保护野生动物，在历史文化、遗传学等方面都有着重要的地位和价值。我们课题组经过大量的工作，终于在中国境内发现了四个松江鲈鱼野生自然群体，并且都有着自己的专属产卵孵化场，这四个群体分别是浙江富春江群体、山东黄河入海口黄河群体、河北秦皇岛滦河群体和辽宁鸭绿江群体。然后分别亲临各地进行活体样本采集，并且剪去松江鲈鱼的右鳍条进行酒精脱水保存，用笨酚-氯仿法提取基因组DNA。然后运用单个影响因子筛选的方法建立起了这四个松江鲈鱼群体的ISSR-PCR反应程序，并经过优化筛选为：反应体系20μL：包括DNA模板1μL （约30ng）、ISSR引物1μL（0.4μmol/L）、10×PCR Buffer2μL(Mg2+2.5mmol/L)、dNTP1μL（250μmol/L）、Taq酶0.2μL（5U/μL）、ddH2O14.8μL。PCR反应程序：95℃预变性3分钟，接着94℃30秒、退火温度下45秒，72℃延伸60秒，40个循环后，72℃延伸5分钟，4℃保存。运用这个反应体系对ISSR整套100个引物进行退火温度的摸索，并最终筛选出15个最佳多态性引物，为松江鲈鱼的ISSR分析奠定基础。最后运用ISSR分子标记技术，分析了中国境内松江鲈鱼浙江富春江群体（Z）、山东黄河入海口黄河群体（S）、河北秦皇岛滦河群体（H）、辽宁鸭绿江群体（Y）这4个不同群体间的遗传变异。从100个ISSR引物中筛选出多态性引物15个，对每群体各30个体进行分析。每引物的扩增条带为617条，共得到有效位点181个，其中多态位点136个，多态位点百分率为75.14%。4群体中，H群体的有效等位基因数、Nei′s基因多样性、Shannon′s信息指数及多态位点百分率为最低，分别为1.2585、0.1530、0.2322、49.17%；而Y群体的相应值为最高，分别为1.4794、0.2777、0.4112、74.03%；Z和S两群体的值明显高于H群体、略低于Y群体。若将4群体作为一个整体，则总的Nei’s基因多样性指数为0.2691、Shannon多样性指数为0.4009，显示松江鲈鱼的遗传多样性较丰富。群体间的遗传分化系数（GST）为0.1313，基因流（Nm）为3.3094，表明松江鲈鱼群体间存在中等程度的遗传分化和一定程度的基因交流。分子方差分析（AMOVA）表明：在总的遗传变异中，85.54%的变异来自种群内个体间，14.46%的变异来自种群间；同样，群体间存在显著（P <0.05）或极显著的遗传分化（P <0.01）。根据群体间Nei′s遗传距离构建的UPGMA树中，Z首先与S群体聚类、再与Y聚类，呈现出从南向北的地理分布格局，但H群体却单独为一支，与其他群体间的距离较远。文章的研究对象是目前在中国境内发现的四个松江鲈鱼野生群体，共计采用了120个样本，样本量足够大，而且地理位置分布也从南到北比较全面，为中国境内松江鲈鱼的生存和遗传多样性现状研究，提供足够详实和准确的基础数据。另外还建立了松江鲈鱼ISSR-PCR反应体系，对今后松江鲈鱼群体的分子遗传学ISSR研究也具有更强的针对性和参考价值。本文中的分析结果显示了松江鲈鱼4个野生群体间的遗传结构和遗传多样性现状，这也为松江鲈鱼种质资源的保护、开发和利用提供基础资料，为松江鲈鱼的优育孵化奠定一定基础，同时为松江鲈鱼这一国家二级保护动物的深入研究积累理论依据。