本文首次从分子系统学的角度探讨了火丝菌科(Pyronemataceae)和侧盘菌属(Otidea)中类群之间的亲缘关系，创建了核酸二级结构特征分析方法，尝试性地将动态优化方法引入子囊菌系统学研究。　　 以核糖体小亚基(SSU rDNA)作为分子标记，采用35个属的68个种的序列片段探讨火丝菌科的属间亲缘关系。结果表明，该科是单起源的，区分为5个分支，支持了广义的火丝菌科概念。在科内各属之间的关系上，分子系统学的研究结果与形态分类有一些差异，依据形态特征和超微结构建立的亚科和族没有得到支持。　　 以核糖体大亚基(LSU rDNA)部分序列作为分子标记，对侧盘菌属的种间关系进行了研究，采用距离、简约和贝叶斯三种方法对属内种间以及与相关属间的亲缘关系进行分析，结果显示侧盘菌属是单起源的，依据子实体形状和子实层颜色，该属可分为两个分支。综合形态学与分子系统学研究的结果，将假地耳属(Otideopsis)处理为侧盘菌属的一个亚属，将Flavoscypha属作为侧盘菌属的异名。　　 首次利用核酸二级结构特征代替核酸碱基作为亲缘信号，构建基于结构信息的子囊菌部分类群的系统进化树。该方法将二级结构转换为新的结构序列，使得rRNA的应用不只局限于碱基比较，拓展了其应用范围，为揭示分子的功能与进化的关系提供了线索。结果表明，结构信号适用于子囊菌系统学研究，相对于核酸序列分析，结构分析的结果似乎更加清晰地体现子囊果的演化过程。　　 以ITS序列作为分子标记，首次采用动态优化的分析方法探讨了膜盘菌属的种间关系。动态优化所构建的系统树与常规分析的结果基本一致，但在Rhizoscyphus ericae的分类地位问题上，动态优化的结果可能更为合理些。