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本文对不同物种的IGF1R基因进行系统发生树和蛋白质结构分析,结果表明IGF1R基因在日本蝾螈和非洲爪蛙的早期进化过程中受到正向选择作用,在斑马鱼、大比目鱼和鲤鱼的中期进化过程中受到正向选择的作用,在哺乳动物和鸡等物种中是一个非常保守的基因。作为生长激素生物功能的重要执行者,IGFs系统对畜禽的生长、胴体和肉质性状等有重要影响。对IGF1R基因的5’侧翼区、全部外显子、部分内含子和3’侧翼区在内的12038 bp长的区域筛选变异,得到了70个SNP。5’调控区有7个SNP,编码区有15个SNP,1个位于3’调控区,剩余的57个SNP都分布在内含子,SNP的平均分布密度为173个bp(70/12038)。鸡IGF1R基因的核苷酸多样性(π)为(2.62±1.06)×10<-3>,核苷酸多态性(θ)为(2.87±0.28)×10<-3>,’多态特性符合常染色体上基因多态的一般特点。鸡IGF1R基因5’调控区的SNP处在一些潜在的转录调控结合位点,可能对 IGF1R基因表达水平的调控有重要影响。
筛选了18个SNP,研究其在茶花鸡、红色原鸡、北京油鸡、阳山鸡、杏花鸡、矮脚鸡、丝羽乌骨鸡、固始鸡、隐性白洛克鸡和莱航鸡等10个品种中的遗传多样性。通过遗传多样性和TagSNP的研究,结果表明有9个SNP可能与生长性状显著相关(C17445985T、G17445596A、A17417734G、T17416994C、C17393427T、A17307750G、A17307494G、A17299834G、C17293932T)。同时研究了18个SNP在红色原鸡、杏花鸡、丝羽乌骨鸡和隐性白洛克鸡的连锁不平衡,发现在A17299834G和A 17327275C之间有较强的连锁。在遗传多样性的基础上,根据连锁不平衡结果,最终筛选出6个SNP可能与生长性状有显著相关(C17293932T、A17299834G、A17307494G、A17307750G、G17445596A和C17445985T)。
应用华南农业大学‘杏花鸡×隐性白洛克鸡’全同胞家系分析这些SNP与鸡生长、屠体和肉质等经济性状的关系以及它们的遗传效应。在华南农业大学杏花鸡×隐性白洛克鸡全同胞家系F2代群体中,IGF1R基因形成了3个单倍型块。关联分析表明:A17299834G与鸡的屠体重、半净膛重、全净膛重、28日龄体重、35日龄体重、56日龄体重、56日龄胫长和0 - 4周日增重呈显著相关。AA基因型是优势等位基因型;A17307750G和A17307494G组成的单倍型与与早中期生长性状呈显著相关;A17299834G和C17293932T组成的单倍型与大部分胴体性状和早中期生长性状呈显著相关,E1E4是最优秀的单倍型组合,可能具有上位效应。
综上所述,IGF1R基因在不同鸡群中表现出比较丰富的多态性,对鸡的生长有重要影响。通过遗传多样性和连锁不平衡分析方法,发现A17299834G可能与生长性状等有显著相关。研究表明A17307750G和A17307494G组成的单倍型以及A17299834G和C17293932T组成的单倍型与生长和屠体性状有显著相关。