论文部分内容阅读
本文从以下几个部分展开论述： 第一章:基于TCGA数据库中肺鳞癌RNA测序数据和DNA甲基化数据分析 目的:利用生物信息学方法，研究TCGA数据库中肺鳞癌RNA测序数据及DNA甲基化数据，筛选肺鳞癌中与甲基化相关的基因。 方法:1.使用R语言RTCGA工具包从TCGA数据库下载376例肺鳞痛患者的RNA测序(RNAseq)数据和DNA甲基化数据以及相应临床信息，分别用DESeq2软件包以及minfi软件包处理，选取差异表达基因(| logFC|＞2.0，P＜0.001)以及差异甲基化位点（|△β|＞0.2，P＜0.001）;2.利用mRNA表达数据与DNA甲基化数据之间的相关性分析(r＞0.6)筛选出候选基因;3.通过GO、KEGG分析目的基因所参与的通路，结合文献筛选出最后的目的基因。 结果:1.TCGA数据库中筛选出2581个差异表达基因和28，793个差异甲基化位点;2.共筛选出6个候选基因(SOX15、PRAME、KIF15、KCTD1、SLC6A8、OTX1);3.GO、KEGG分析显示SOX15基因参与代谢、多细胞生物发育、免疫系统等过程，参与P53通路、PI3激酶通路、Ras通路、VEGF信号通路、TGF-β信号通路、FGF信号通路等。 结论:通过TCGA数据库筛选出目的基因SOX15，SOX15基因在肺鳞癌中高表达，SOX15基因可能与肺鳞癌的发生发展有一定的关系。 第二章:qRT-PCR实验验证目的基因的表达 目的:通过肺鳞癌与正常肺组织验证SOX15mRNA在肺鳞癌中的表达情况。 方法:收集41例肺鳞癌组织及其正常肺组织，应用qRT-PCR实验方法检测SOX15mRNA在肺鳞癌与正常肺组织中的表达情况，并分析其临床病理意义。 结果:进一步行qRT-PCR实验验证，显示SOX15 mRNA在肺鳞癌组织中表达明显高于正常肺组织(p＜0.01)，且SOX15 mRNA的表达与肿瘤临床分期、淋巴结转移有关。 结论:SOX15mRNA在肺鳞癌中高表达，且SOX15 mRNA的表达与肿瘤临床分期、淋巴结转移有关。 第三章:肺鳞癌中SOX15启动子区域甲基化水平及临床意义 目的:分析SOX15基因启动子区域甲基化水平，并探究其临床意义。 方法:分析来自TCGA数据库中Illumina humanmethylation450平台的338例肺鳞癌和38例正常肺组织的启动子区域的差异甲基化位点，分析SOX15基因在肺鳞癌中与甲基化的关系并探索其临床意义。 结果:SOX15基因启动子区两位点(cg01029592，cg13159929)甲基化水平在肺鳞癌中明显偏低(P＜0.001)，且与SOX15mRNA表达呈负相关（r=-0.76，P＜0.001; r=-0.77，P＜0.001)，生存分析显示SOX15基因这两甲基化位点(cg01029592，cg13159929)甲基化水平与预后相关(P＜0.05)，利用SOX15基因在肺鳞癌中表达数据作ROC曲线分析其肿瘤特异性，显示曲线下面积AUC=91.036％。 结论:通过分析TCGA数据库中SOX15 DNA甲基化数据，结果显示SOX15基因启动子区甲基化位点甲基化水平在肺鳞癌中明显偏低，低甲基化可能导致其mRNA高表达，并且与肺鳞癌预后相关，SOX15基因有望成为肺鳞癌肿瘤特异性标志物。