十九世纪，近代自然科学发展到顶峰，开始酝酿新的科学革命，进入现代自然科学的前夜。本文以十九世纪中期产生的进化论为科学背景，以当时占统治地位的基督教神学为宗教基础，同时参考近年来中西方学者的研究成果，对该时期进化论的产生和发展对基督教神学产生的影响及基督教神学对进化论的反应等进行研究，探讨这一时期科学与宗教的关系，并得出结论：这一时期的科学与宗教关系是冲突的，两者冲突的根源集中在“上帝”“自然”和“人”问题上。进化论的产生打破了人们一直认为的“上帝创世说”和“人是自然的中心”的观点，提出“自然界中的生物包括人在内都是进化而来的”。基于此，科学与宗教再次交锋，引发了科学界和宗教界的唇枪舌战、激烈争论。不可忽视的是，虽然有冲突和争论，但这次交锋也推动了双方的发展：科学家用自身的研究方法不断证实自己理论的真实性，人们也越来越相信科学可以带来更加美好的生活，它开始取代基督教成为一种生活和得救的途径。科学理性逐步上升，而宗教信仰则没有以前的繁荣和兴盛，基督教也开始积极变革，不断调整自身以适应时代环境，在新的现代精神中走向自己的未来。