随着社会的进步和科学的发展,信息数据量呈爆炸性增长,特别是基因序列这样的数据,其增长速度已经超出了人们的想象,给数据存储和传输造成了很大的压力,各种压缩技术被提出来解决这样的问题。在压缩序列上进行子串查询处理对于基因序列分析和关键字搜索等实际应用非常有意义。这些序列数据往往以压缩形式存储,给子串查询造成一定的难度,使得该研究领域面临着巨大的挑战。本文所研究的内容是基于最近提出的一种无损压缩技术,对于多个非常相似的字符序列,只需保留一个参照序列,然后利用参照序列上的编辑操作来编码这些相似序列与参照序列的差异。该技术对于基因这种大规模的字符序列能够起到非常好的压缩效果。这种压缩技术是新颖而且重要的,那么如何在这种大规模压缩序列上进行在线子串查询处理是本文要解决的问题。针对上述大规模无损压缩序列,本文针对参照序列是否在线被处理这两种情况,分别提出相应的在线子串查询处理与优化技术。在未索引参照序列的情况下,通过改进经典的BM算法,提出了支持单压缩序列的子串查询算法。利用多个压缩序列在参照序列上拥有许多公共片段的特点,进而提出了支持多压缩序列的子串查询算法。在索引参照序列的情况下,通过建立一个基于q-gram的倒排表索引,提出一个基本的子串查询算法。针对其不足,采用对编辑操作的过滤技术,进而又提出了一个优化查询算法。通过在一个基因数据集上的实验,显示出所提出的技术能够高效地支持大规模无损压缩序列的子串查询处理。