小叶锦鸡儿(Caragana micrphylla Lam.)、中间锦鸡儿(Caraganaintermedia Kuang er H.C.Fu.)、柠条锦鸡儿(Cargana korshinskii Kom.)是内蒙古高原锦鸡儿属(Caragana Fabr.)的三个地理替代种,均为多年生灌木。本研究取选内蒙古高原自然分布的锦鸡儿种群,包括5个小叶锦鸡儿种群、8个中间锦鸡儿种群、3个柠条锦鸡儿种群,分析其形态特征;利用SSR分子标记技术对三个物种的遗传多样性进行研究;结合气象、土壤等环境因子分析对形态及遗传多样性的影响。结果如下:(1)三个锦鸡儿种群形态(株高、冠幅)的变异程度为中间锦鸡儿>小叶锦鸡儿>柠条锦鸡儿,除了物种间的差异,形态特征与有效积温、年降水量、土壤PH值、土壤全磷含量有显著相关关系。(2)三种锦鸡儿都具有较丰富的遗传多样性,多态位点百分数,Nei’ S遗传多样性指数与Shannon信息指数均表明,遗传多样性由大到小顺序为柠条锦鸡儿>中间锦鸡儿>小叶锦鸡儿;(3)居群间的遗传分化程度由大到小顺序为中间锦鸡儿>小叶锦鸡儿>柠条锦鸡儿,在三种锦鸡儿中中间锦鸡儿从典型草原到荒漠广泛分布,较高的遗传分化是其适应多种环境拓展分布空间的遗传基础。(4)从聚类图中可以看出,三种锦鸡儿各自聚为一类,能够明显的区分开,中间锦鸡儿在聚类中表现出过渡性,与其地理分布的渐变性相一致。(5)Mantel检验显示地理距离与遗传距离没有显著相关关系;(6)逐步回归显示,三种锦鸡儿遗传多样性指标与有效积温、日照时数、平均气温、土壤有机碳、土壤全氮含量有显著相关关系。