海西先行、科技先行.增强福建省区域自主创新能力，是提升海峡西岸区域经济竞争力的重要突破口；也是推进海峡西岸“两个先行区”建设的内在要求.财政科技投入是筹集科技投入资金的重要渠道，它对于弥补科技创新市场失灵，提高公共资源配置效率具有重要意义.在公共财政框架下，财政科技投入需要根据区域创新技术的特性确定投入方向，根据区域社会公共需要确定投入重点，以体现公共财政的一般原则和方向。 “十五”以来福建省财政科技投入逐年增加，形成了以省级财政投入为主的多层次投入体系；财政科技投入强度稳中有升，财政投入带动社会科技投入比重不断上升.由于科技投入统计不完善，投入强度数据失真，从横向比较看福建省财政科技投入强度不高；但是从纵向比较看，福建省财政科技投入基数低，投入呈现较快增长趋势，财政科技投入促进区域自主创新效应明显。 构建基于区域自主创新的财政科技投入体系显得重要而紧迫，要着力完善“四大机制”：多样化的财政科技投入机制，财政投入带动企业多元融资的配套机制，科技人才培育的财政投入机制和基于区域自主创新的知识产权保护机制。