当前，国内外经济形势发生深刻变化，珠江三角洲地区正处在经济结构转型和发展方式转变的关键时期，进一步的发展既面临严峻挑战，也孕育着重大机遇。为促进珠江三角洲地区增创新优势，进一步发挥对全国的辐射带动作用和先行示范作用，制定了《珠江三角洲地区改革发展规划纲要》。本文选取珠三角惠莞深三地政府作为研究对象，旨在探讨惠莞深都市圈政府合作问题，尤其是探讨应如何在惠莞深三地政府间建立和完善一种有效的合作机制，保障惠莞深都市圈政府合作的顺利开展，从而实现三地的良性互动发展，推动惠莞深都市圈一体化的形成。本文采取实证的研究方法，主要研究内容如下：　　 首先，从地理、经济、社会等方面分析惠莞深都市圈政府间合作的条件和基础，认为三地政府合作协调机制已经初步建立，但有待进一步细化及强化；社会公共事务合作机制已经初步形成，但相关重要事项的合作机制发展不均衡，差距较大；交通运输合作机制已经初步确立，但有待进一步落实、完善。其次，分析惠莞深都市圈政府合作机制存在的问题及成因，认为当前三地政府合作水平不高，缺乏统一的合作战略规划和统一协调的组织机构，并存在跨区域的流域治理合作机制缺失等问题；究其原因，主要是因为三地政府合作意识薄弱，未能对政府职能进行准确定位，缺乏有效的法律政策和制度保障，合作所产生的成本及利益，三地政府难以公平分配，政府间的行政体制障碍影响产业协调发展。最后，从完善法制机制，协调机制、激励机制和监督机制四个方面对惠莞深都市圈政府合作机制进行思考，提出完善惠莞深政府合作机制的具体思路。