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几乎所有的生命过程和化学反应都是在溶剂中进行的,特别是在水溶液中,生物分子的模拟中,溶剂环境准确描述是至关重要的。本论文利用ABEEMσπ浮动电荷分子力场,分别研究了丙氨酸四肽的五种构象以及五种氨基酸的L构象的结构和性质,具体的研究内容如下:(1)使用原子与键电负性均衡方法融合进分子力学(ABEEMσπ/MM),即ABEEM浮动电荷极化分子力场,计算了丙氨酸四肽的五种构象的构象能,并且与MP2/aug-cc-pVTZ方法计算结果相比,可以看出两者的变化趋势是一致的。(2)在298K,NVT系综下,分别对五种构象的丙氨酸四肽的水溶液进行了动力学模拟。计算了非氢原子坐标(包括骨架C原子、Cα原子和重原子)与初始结构的均方根偏差,计算了它们的憎水、亲水和溶剂可及表面积,获得了非极性的溶剂化自由能。使用广义波恩方法,计算了极性的溶剂化自由能。进而得到了丙氨酸四肽的五种构象的溶剂化自由能。 R和β构象的丙氨酸四肽的溶剂化自由能大于其他构象的,说明这两种构象易在水溶液中存在。(3)分别对甘氨酸(Gly)、亮氨酸(Leu)、缬氨酸(Val)、天冬酰胺(Asn)和天冬氨酸(Asp)四肽的αL构象的水溶液进行分子动力模拟。计算了骨架原子的均方根偏差(RMSD)、溶剂可及表面积以及非极性的溶剂化自由能、极性溶剂化自由能,获得了这五种氨基酸四肽的溶剂化自由能,分析并讨论了它们在水溶液中的溶解性。数据结果表明,使用ABEEM浮动电荷力场和GB/SA相结合计算溶剂化自由能,获得了Asp四肽和Asn四肽的亲水性较强;Leu四肽、Val四肽和Ala四肽的疏水性较强;Gly四肽的溶解能力居中的结论。总而言之,ABEEMσπ/MM力场可以使用研究氨基酸四肽的结构和性质,为使ABEEM浮动电荷力场拓展应用到其他大分子溶液体系中奠定了很好的基础。