茄科植物广泛分布于全球的温带及热带地区,具有重要的经济、药用及观赏价值,我国有24属约105种。链格孢菌属是经济上重要的真菌属之一,引起多种植物病害,造成严重的经济损失,如茄科植物的早疫病。本研究通过广泛采集茄科植物病样组织,并进行菌株分离,对相关的链格孢菌大孢子种进行了分类研究,并选取了一株代表菌株进行了全基因组测序,结合菌丝和孢子两个转录的测序,进行了系统分析,具体研究体结果如下:2017-2019年,从内蒙古、吉林、青海、甘肃、湖北等地采集茄科植物病样,通过保湿培养,共分离出链格孢菌大孢子种菌株78株。根据菌落形态,寄主以及采集地的不同,筛选出14个菌株进行基于Alt al、GAPDH、RPB2、ITS和TEF1五个基因的系统发育分析以及形态学的分类研究。共鉴定出5个不同种类,其中包含分离自酸浆上的一个新种,命名为Alternaria physalidis sp.nov.;分离自马铃薯上的A.blumeae,为中国一新记录种;分离自马铃薯上的A.solani、曼陀罗上的A.crassa以及枸杞上的A.brassicae均为已知种类。此外,研究发现7个菌株的多个基因序列存在多个杂合位点的现象,联合五个基因的序列并删除所有杂合位点所在的碱基后构建系统发育树,结果发现这7个菌株单独聚在一起,而其形态学存在着一定的差异。结合分类研究及致病性检测结果,对菌株YZU 161111(Alternaria solani)进行三代基因组测序,组装后得到了26个Scaffold,其完整的基因组大小为34.38Mb,GC含量为51.01%。基因结构预测的结果表明,该菌共含有11368个基因,总长约18.89 Mb,其中外显子长度约16.93 Mb。此外,还对预测得到的基因进行了KOG及GO数据库的功能注释。对菌株YZU 161111的菌丝和孢子进行转录组测序后,将两个转录组的Clean Reads分别与基因组比对,比对效率分别为88.66%和88.44%。随后,对两个转录组进行SNP分析,发现SNP的数目均为460个。对其可变剪接事件进行预测,发现菌丝和孢子中分别存在17699个和19757个可变剪接事件,且TSS和TTS这两类均占比最高。将各转录组的Mapped Reads进行拼接后与原有的基因组注释信息进行比较,共鉴定出143个新基因。对两个转录组的Clean Reads采用FPKM方法来进行基因表达量计算,并进行差异表达分析,共发现差异表达基因1289个,在孢子转录组中,上、下调基因的数目分别为499个和790个。此外,还对得到的差异表达基因进行了GO、COG和KEGG功能注释分类,并将差异表达基因在STRING数据库中进行比对,构建差异表达基因蛋白互作网络。