剪接体内含子的发现已有30余年，但目前对其进化机制和进化动力学的了解很贫乏。学术界对内含子的进化问题一直存在争议，其中之一就是内含子得失率。内含子的进化研究方法常是用已观测到的数据来重构内含子的演化过程。重构过程需要五个基本步骤：第一、基因组序列和基因的注释；第二、选择同源基因；第三、标定内含子的位置；第四、构建系统发生树；第五、内含子得失率计算。前四步的研究比较成熟，第五步是目前研究得最少的部分，也是最值得探讨的一步，不同的判断方法将得到不同的内含子进化过程。对平行同源基因进化过程中内含子得失率现存两种矛盾的结论，即“得到大于丢失”和“丢失大于得到”。本文通过对现存的内含子得失判断方法的研究，获得一种新的、更合理的算法来重构内含子的进化过程。　　 本文首先分析了内含子得失研究以及算法研究的重要性；接着具体介绍了得失率研究的背景技术，包括系统发生树的构建方法和工具，同源基因的比对方法和工具等；第三章对内含子得失的算法做了介绍、对比、研究、分析，并提出一种新的判断内含子得失的算法。　　 目前判断内含子得失的算法主要是建立在最大简约法的理论基础上，即进化过程中内含子得失事件发生最少的理论假设，认为得失数越小的进化方式越接近真实的进化过程。具体的方法有“Dollo简约法”以及在Dollo简约法基础上作改进的“Dollo改进法一”，它们得出相反的结论，“Dollo简约法”认为内含子获得多于丢失，“Dollo改进法一”认为内含子丢失多于获得。分析发现：Dollo改进法一得出的结论片面，其仅能对部分平行同源基因的内含子得失作统计；Dollo简约法偏重于内含子丢失，不是最佳的判断方式。本文对上述问题做了修正和改进，以内含子得到和丢失的可能性相同为原则，提出一种新的内含子判断方法(取名叫“Dollo改进法二”)，并通过计算机仿真的方法来分析六个物种的平行同源基因的内含子得失。结果表明，本文提出的新方法使得失数降低，是更好的判断内含子得失的方法；内含子得到多于丢失，即平行同源基因进化方式以内含子得到为主的结论，其对内含子的功能也是一种很好的解释。