基于iTRAQ技术的高直链和高支链木薯块根蛋白质组学研究

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木薯(Manihot esculenta Crantz)是大戟科(Euphorbiaceae)木薯属(Manihot)植物,为世界上重要的粮食作物,与马铃薯、甘薯并称世界三大薯类作物。在众多淀粉作物中,木薯块根淀粉含量高,可达20%-40%,最具有发展潜力。淀粉在人们日常生活中被广泛应用,淀粉以直链淀粉与支链淀粉两种形式存在,直链淀粉遇碘变蓝色,支链淀粉遇碘变紫红色,它们因具有不同的功能和特点,被运用于不同的加工领域。本研究通过与国际热带农业中心(CIAT)合作,引进其高直链淀粉木薯品种(5G160-13)和高支链淀粉木薯品种(AM1288-17和AM206-5)作为试验材料,以在海南推广种植的华南5号(SC5)作为对照,利用iTRAQ技术从全蛋白角度研究调控木薯块根淀粉合成的代谢通路,通过在线String软件构建差异蛋白生物调控互作网络,采用酵母双杂交技术、双分子荧光互补技术和qRT-PCR技术等确定调控直链淀粉和支链淀粉合成相关的关键蛋白,为今后高直链和高支链淀粉木薯品种的选育提供一定的理论依据。主要结果如下:1、切开5G160-13、AM1288-17、AM206-5和SC5四个品种鲜薯横切面,用碘化钾喷洒整个横切面,观察横切面颜色变化。结果显示:AM206-5和AM1288-17变成紫红色,5G160-13和SC5变成蓝色。2、本研究得到二级谱图总数329085张,匹配谱图数量35065张,匹配特有肽段谱图数量24725张;鉴定到肽段数量13742,其中特有肽段序列数量10645;鉴定蛋白质数量为3971个。以SC5为对照,SC5与5G160-13差异蛋白808个,上调表达397个,下调表达411个;SC5与AM1288-17差异蛋白共有495个,上调表达299个,下调表达266个;SC5与AM206-5差异蛋白共有729个,上调表达345个,下调表达384个。3、以KEGG数据库为参考,将103条代谢途径,884个差异蛋白进行功能注释,分为10大类,分别是:碳代谢和能量代谢(含15条代谢通路;284个差异蛋白)、类脂化合物代谢(10条;42个)、氨基酸代谢(17条;142个)、辅助因子和维生素代谢(7条;40个)、核苷酸代谢(2条;38)、其他次生代谢产物(13条;50个)、遗传信息处理、折叠、分类、降解、复制与修复(11条;88个)、细胞内的运输和代谢(3条;35个)、遗传信息加工,翻译,转录(6条,130个)、环境信息处理,膜转运,信号转导,生物系统与环境适应(7条;35个)。4、本研究主要研究碳代谢与能量代谢通路中与直链淀粉和支链淀粉合成代谢相关的关键蛋白,这些蛋白质主要包括:6-磷酸葡萄糖异构酶(AT5G42740)、磷酸葡萄糖异构酶1(PGI1)、磷酸甘油酸酯激酶(PGK) (PGK1)、醇化酶 1(ENO1,ENOC)、苹果酸酶(MDH,mMDH1,PMDH1)、ATP柠檬酸盐(Pro-S)-裂解酶(ACLB-2)、磷酸丙糖异构酶(TIM,TPI)、3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPC1)、丙酮酸激酶(PKP-ALPHA)(AT5G08570)、L-乳酸脱氢酶(AT4G17260)、二氢硫辛酰胺脱氢酶(mtLPD1)、丙酮酸盐脱氢酶E1组分(MAB1)、柠檬酸合成酶(ATCS)、苹果酸脱氢酶(NADP,PAT5G58330)等,它们对淀粉积累、直链淀粉和支链淀粉的合成起到关键调控作用。5、利用qRT-PCR方法验证iTRAQ数据分析结果。表明:mMDH1、PMDH1、MDH(苹果酸酶)、PGI(6-磷酸葡萄糖异构酶)、ENO1(烯醇酶)、GAPC1(磷酸甘油酸脂激酶)、TIM(磷酸丙糖异构酶)等蛋白在碳代谢与能量代谢通路中对直链淀粉与支链淀粉积累起到关键作用。6.利用在线String软件构建10大类差异蛋白的生物调控互作网络。找到连线条数较多的蛋白,其中主要是催化蛋白和结合蛋白。7、酵母双杂和双分子荧光互补验证蛋白互作关系。酵母双杂结果表明GBSSI无自激活作用,该蛋白与APL3没有互作关系。然而,双分子荧光互补实验结果表明GBSSI与APL3、SBE2.2之间有相互作用,但互作信号弱,说明它们之间的互作关系弱。
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