创新驱动经济发展，创新发展注重效率，提升区域创新效率是提高区域创新水平、促进区域创新发展的重要方法。本文运用数据包络分析方法和灰色关联模型在对我国不同省份进行区域创新效率评价的基础上从要素投入的角度找出制约区域创新效率提升的因素，据此提出提升区域创新效率的对策建议。　　首先，在对区域创新过程评价研究等方面文献研读的基础上明确了区域创新发展的两个阶段——区域创新研发阶段和区域创新应用阶段，基于区域创新过程的两个阶段建立区域创新两阶段模型。在区域创新两阶段模型框架下确立创新资源投入指标、中间创新成果产出指标和最终输出指标在内的三组指标，结合指标选取的三大原则对创新资源投入指标、中间创新成果产出指标和最终输出指标进行选取。引入数据包络分析方法，建立决策单元，对区域创新过程的两阶段进行效率评价。区域创新研发效率评价着重评价创新资源投入向知识、科技产品的转换效率，更多地体现出创新过程的研究和开发效率分析。区域创新应用效率评价则着重对知识、科技产品创造经济效益的过程进行效率评价。　　其次，在区域创新两阶段效率评价的基础上引入灰色关联分析，针对非有效的决策单元，运用灰色关联分析方法从要素投入的角度找出决策单元非有效性的制约因素，通过适当调整非有效性决策单元的创新要素投入来达到决策单元有效的目的。　　综上所述，运用上述模型和分析方法对我国不同省份创新过程的两个阶段进行效率评价和创新因子关联分析的基础上，找出提升区域创新效率的方法，探讨区域创新发展的建议和对策。