中国农村家庭联产承包责任制的确立,为微观经济主体提供了有效的激励机制,成为促进农业增长和农业技术进步的重要影响因素。但是,随着我国农产品供给短缺的局面结束,中国加入WTO以及农业产业化进程的逐步推进,以家庭承包经营为特征的农业生产方式开始面临许多新的挑战。在这种背景下,农民专业合作社作为一种将农民组织起来进入市场的制度安排,被看作是促进农业发展的第二次飞跃。本文运用新制度经济学的产权理论,采用实证分析与规范分析相结合的方法,对我国农民专业合作社的产权制度安排、产权制度安排与治理结构的关系以及产权制度安排与利益分配机制的关系进行了研究,并对我国农民专业合作社产权制度安排的改革提供了几点建议。本文认为,我国农民专业合作社产权制度安排有以下四个特点:一是产权主体多元化。我国已有的农民专业合作社大多数都是依托外部力量而建,农民自发组建的农民专业合作社只占很小一部分。二是产权主体差异大。首先表现在自然资源、资本资源、人力资源和社会资源的不均匀分布;其次是不同资源禀赋的成员参与合作社的动机和目的也是不同的。三是少数产权主体持有多数股份。由于农民专业合作社大多数是依靠外部力量建立的,建立初期主要发起人投入的资金往往占很大一部分。四是政府资助使用效率低下,公共积累产权不清晰。农民专业合作社产权制度安排的特征使得合作社通常被少数大股东、经营者所控制,中小农户处于依附地位。在这种情况下,我国农民专业合作社的治理结构和利益分配机制也有悖于经典的合作社原则。在治理结构上,合作社的管理者和控制者主要是股权比较大的出资者,合作社一人一票的民主管理有了改变;在利益分配机制上,合作社的基本原则是按惠顾额返还盈余,而我国农民专业合作社是按惠顾额返还和按股份红相结合的分配方式。合作社的这些中国特色主要是由农民专业合作社产权制度安排的特点引起的,然而可以看出现阶段合作社的治理结构和利益分配机制对于我国农民专业合作社的发展起到良好的促进作用,一段时间内还将长期存在。但是为了农民专业合作社的长期发展,对农民专业合作社产权制度安排进行改革也是有必要的。首先应该明晰产权。明晰个人产权、公共积累和政府扶持资金。其次创新产权制度,减少成员之间的差异性。再次加强对合作社的支持,完善合作社内部治理结构,规范利益分配机制。最后,为了合作社的发展有必要对合作社的基本知识进行宣传。本文的创新之处在于,运用博弈论的分析方法,分析了农民专业合作社产权与农民专业合作社治理结构之间的关系,指出合作社治理结构有其合理性;在产权改革方面,创新产权制度,通过土地入股、劳动入股等形式既可以增加合作社的总资产又可以减少成员之间的差异性。论文的不足在于模型假设较为简单,实证分析较弱,有待进一步完善。