16S rRNA是细菌核糖体的组成部分，以其功能稳定、含量丰富、易于提取等特性而被广泛应用于微生物生态学。454焦磷酸测序技术是新一代测序技术，以其速度快、测序成本相对较低、数据量大等特点而成为16S rRNA基因相关研究中的一种重要技术。454测序的长度可以覆盖16S rRNA基因的部分可变区，对于这些可变区的测序，如何使得测序结果的分析更为方便，和如何选择16S rRNA基因的可变区片段进行测序，是需要解决的问题。本研究从以下两个方面进行了探究。　　第一，整合了现有的多种16S rRNA基因可变区454测序数据分析方法，开发并完善了一套衔接现有分析工具的程序集，并对于454测序数据的高质量提取标准等问题进行了探究。第二，对16S rRNA基因的 V1-V3区、V3-V5区和 V3区进行了与16S rRNA基因全长序列所包含信息的比较。对于V1-V3区和V3-V5区，比较了它们与全长序列的OTU多样性水平和物种鉴定结果，结果显示V1-V3区在OTU多样性上更为接近全长序列，在物种鉴定结果上，两个可变区各有一些属与全长序列存在差异；对于 V1-V3区和V3区，使用同一个体的粪便样本分别进行了两种可变区片段的焦磷酸测序和16S rRNA基因全长序列的Sanger测序，测序结果显示V1-V3区的焦磷酸测序在群落结构和门水平的分类鉴定上更为接近全长序列。本研究从应用的角度探究了16S rRNA基因可变区454焦磷酸测序的数据分析方法，并对测序的可变区选择进行了探索。