良好的生态环境,一直以来都是人类生存与发展必不可少的外在条件。各种类型的生态系统不仅为人类提供了经济发展所需的各种物质资源,同时还源源不断的供给着各类人类所必需的非物质性生态服务。然而,随着经济社会的不断发展,人类对的需求不断增大,所造成的环境污染和生态破坏使生态系统的自我修复能力遭到破坏,导致各种自然灾害频发。1952年伦敦的一场史无前例的毒雾夺走了超过12000人的生命;近几年北京地区的雾霾指数持续爆表,使数以百万计民众的生命健康受到威胁。这些事实都警示我们制定和实施科学有效的生态补偿制度迫在眉睫。1979年以来,我国首次提出了“污染者付费”的设想,随后,一系列的生态保护法律得以出台。政府通过财政补贴的方式为生态补偿制度提供资金支持,并在我国不同地区设立众多国家重点生态功能区,实施生态建设工程,对受损的生态系统进行补偿,取得了不少显著成果。然而,相对于我国长期以来的高污染、高消耗的发展模式,现有的生态补偿制度明显不足以维持生态系统的平衡发展,需要不断的加以完善和创新。本文首先对国内外生态补偿制度的研究现状和实施情况进行了简单总结,然后对本文将会使用到的理论工具进行概述。在新制度经济学基本理论的支撑下,对我国生态补偿制度的现状进行分析。同时梳理出我国现有生态补偿制度存在的问题,以产权理论、交易费用理论和委托代理理论为分析工具,对这些问题的成因进行归纳,最后针对性的提出相应的政策建议。生态补偿与经济发展一样,都是人类进步需要长期坚持的系统性工程,都需要全民参与才能取得良好效果。本文通过对我国生态补偿制度的经济学分析与总结,希望能够使生态补偿问题受到更多关注,使所学理论与实际结合的更加紧密。