胰腺癌EGFR基因共表达网络构建与分析

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目的:胰腺癌是世界范围内恶性度最高的肿瘤性疾病之一。本研究拟通过生物信息学手段构建胰腺癌EGFR基因的共表达网络并进行分析,为胰腺癌的靶向治疗研究提供新的思路及方向。方法:选取TCGA数据库中的一组177例进行了RNA测序的胰腺癌病例,通过c Bio Portal数据库对这组病例中的EGFR基因的共表达基因进行检索,从而得到共表达基因列表。再利用STRING数据库绘制出共表达基因的蛋白互作网络图像(PPI),将该图像导入Cytoscape可视化软件进一步处理。之后对共表达基因利用DAVID数据库进行GO-BP生物过程及KEGG信号通路的富集分析。并通过Cytoscape软件所带插件寻找网络中的节点基因,将筛选出的节点基因与EGFR基因组成新列表后再次导入STRING数据库检验它们之间的联系,以确认所得到的节点基因的可靠性,将无关基因排除。最后利用GEPIA数据库分别分析上述节点基因在胰腺肿瘤与正常组织中的表达情况,并对这些节点基因进行生存分析。结果:筛选出与EGFR中等程度相关的共表达基因367个。对这些基因进行富集分析后,发现参与最多的前10位功能模块分别为:蛋白质苏素化;姐妹染色单体结合;病毒性过程;对DNA损伤刺激的细胞反应;蛋白质磷酸化;通过非同源的末端链接修复双链断裂;EGFR相关信号通路;RNA聚合酶II启动子转录的正调控;DNA修复及泛素依赖性蛋白分解代谢过程中的蛋白质泛素化。参与最多的前10位信号通路为:肌动蛋白细胞骨架调节;焦点粘连;鞘脂类信号通路;结直肠癌相关通路;泛素介导的蛋白水解作用;胰腺癌相关通路;癌症中的蛋白聚糖;肾细胞癌;RNA转录及TNF信号通路。进一步对所构建的蛋白互作网络进行节点基因筛选,验证其可靠性后,共找到10个节点基因,分别为:1.PPP2R5E;2.XPO1;3.KRAS;4.PIK3CA;5.NUP160;6.FXR1;7.POLR1A;8.MAPK8;9.KIF2A;10.SMC3。与正常组织相比,这些节点基因在胰腺癌组织中均呈现高表达状态。KRAS,XPO1及FXR1高表达时胰腺癌患者总体生存期显著缩短(P值均<0.05)。同时,通过10个节点基因与EGFR共同构成的蛋白互作网络发现,FXR1与KRAS基因间有着直接作用关系。结论:胰腺癌EGFR共表达基因网络主要参与细胞内的基因复制、转录、翻译、损伤修复等细胞周期过程及蛋白质苏素化、蛋白质泛素化等DNA翻译后的蛋白质修饰过程,并且与胰腺癌、结直肠癌等肿瘤相关信号通路关系密切。进一步寻找并分析共表达网络中的节点基因后发现:KRAS,XPO1及FXR1是与胰腺癌生存期预测有密切关系的指标分子。且FXR1与KRAS基因之间有直接作用关系,同时FXR1基因尚无相关靶向药物研发,可能成为胰腺癌靶向治疗的新研究方向。
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