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柑橘疮痂病是柑橘上的重要真菌性病害,世界各地均有发生,国外研究表明引起柑橘疮痂病的病原有2个种,即由(?)(?)lsinoe fawcettii Bitancourt and Jenkins(无性态Sphaceloma fawcettii Jenkins)引起的普通疮痂病(Citrus Scab, CS)和由E.australis Bitancourt(无性态S. australis Bitancourt and Jenkins)引起的甜橙疮痂病(Sweet Orange Scab, SOS)。普通疮痂病可以危害各种宽皮柑橘,很少侵染甜橙；而甜橙疮痂病则主要侵染甜橙果实。中国是世界最大的柑橘生产国,栽培柑橘的历史悠久,地域宽广,种类和品种繁多,疮痂病在常规栽培的橘类、柚类、柠檬类上普遍发生,但对其病原的种类以及种内的致病性分化缺乏任何研究,尤其是甜橙疮痂病,目前还没有资料表明我国存在甜橙疮痂病菌这个种。此外,对柚子疮痂病的病原国内外也尚未进行过鉴定。基于以上事实,本论文主要开展了如下几方面的工作：1、从全国柑橘主产区主要柑橘种类上具有疮痂病和疑似疮痂病症状的果实和叶片上分离了83个柑橘疮痂病菌株,从中挑选了46个代表菌株,利用ITS序列来明确其种类,通过序列比对明确了我国的柑橘疮痂病病原均为普通疮痂病菌,甜橙疮痂病在我国尚未发现。2、通过病菌的分离培养、形态学比较、致病性测定和分子比对,首次明确柚子疮痂病的病原为Elsinoe fawcettii。3、通过对46个代表菌株的致病性测定和ISSR分析,明确我国柑橘疮痂病菌Elsinoe fawcettii存在丰富的种内变异,这46个菌株可分为11个致病型和10个ISSR组群。ISSR法所划分的遗传变异组群与致病型具有很好的相关性,说明所建立的ISSR体系可用于致病型的鉴定。4、鉴于疮痂病的田间诊断易与其他病害症状相混淆,本研究还建立了柑橘疮痂病的实时荧光定量PCR诊断体系。通过此方法,可以在4个小时内完成对柑橘疮痂病的定量检测。