在存疑不起诉实践中,如何防范本应依法提起公诉的案件被存疑不起诉,具备补证条件的案件如何达到提起公诉条件,是在刑事司法理论和实践中需要持续思考的问题。尽管刑事诉讼立法和司法取得了巨大的进步和完善,在各项制度方面取得了突出成就,但检察机关办理刑事案件中仍存在着诸多问题和不足,导致部分本应被起诉的案件最终被作存疑不诉。本文以存疑不起诉案件办理情况为研究对象,对存疑不起诉案件办理过程,包括案件审查、补充侦查、存疑不诉决定的作出以及不诉后续机制运行等各个环节存在的问题予以探讨。在此基础上,立足法律、相关规范和司法实践,对存在问题与不足进行集中梳理和原因剖析,进而提出解决存疑不诉案件办理问题的建议。除引言以及结语外,本文共分为四大部分,正文约为三万五千字。文章在第一部分对存疑不起诉案件办理情况进行了考察。本文以C市Y区检察院2015年至2019年5年的存疑不起诉案件为主要研究对象,就存疑不起诉案件的总体适用情况、案件类型、补充侦查情况、证据不足的具体表现等进行考察。从宏观方面看,存疑不诉案件持续增加,存疑不诉案件类型集中;从证据审查方面看,非法证据排除略有上升,主观故意存疑成为难点;从补充侦查方面看,退侦补证质效不佳,自行补侦基本虚置;从存疑不起诉决定的作出方面看,各类不诉误用混用,规避风险倾向存疑不诉;从后续运行方面看,被害人申诉信访增加,不诉案件后续运行不畅。这体现了近年来检察机关对人权保障、疑罪从无理念的贯彻,但也存在证据审查判断不严、补充侦查流于形式、证据基础不扎实等现象,体现出检察机关办理刑事案件中存在着诸多问题和不足。文章第二部分是对存疑不诉运行存在的直接问题的研究。一是审查起诉面临重大挑战,这体现为疑难复杂案件日益增加,审查起诉工作对检察官提出了更高要求;二是侦查取证水平仍需提升,这体现为公诉证据标准日趋严格但侦查取证能力未相应提高;三是补充侦查工作运行不畅,体现为补充侦查提纲质量不佳、自行补充侦查阻力重重;四是不起诉决定“留有余地”,体现为检察官基于“留有余地”与适用便利而适用存疑不诉;五是案件违法行为监督不足,体现为案件中违法行为后续未得到追究。上述问题的存在对存疑不起诉制度运行造成重大影响,是导致部分原本可以依法提起公诉的案件被存疑不诉的重要原因。文章第三部分是对存疑不起诉运行存在的制度问题的研究。一是疑难案件研讨机制待完善,疑难案件横向咨询机制缺失、纵向讨论机制待完善;二是检察引导侦查制度需落实,内容缺乏可操作性,缺乏类案引导机制;三是补充侦查制度待优化,退回补侦提纲质量不佳,自行补侦制度不完善;四是不起诉监督制度需革新,缺乏有效的外部监督制度;五是检察建议机制未健全,检察建议工作机制不规范,缺乏强制力。这些制度上的不完善导致存疑不诉存在着诸多问题,对存疑不诉案件办理的优化应当从制度优化入手。文章第四部分是对存疑不诉案件办理的优化路径研究。笔者认为应当从以下方面入手,对现有制度和机制进行改革优化:一是强化“两会”案件研讨,完善疑难案件研讨机制;二是加强在案证据研判,健全检察引导侦查制度;三是优化退回补充侦查制度,激活自行补充侦查制度;四是完善存疑不诉后续机制,健全检察建议工作制度;五是依法适用存疑不诉决定,完善不起诉监督制度。