膀胱肿瘤的加权共表达网络分析及肿瘤分期关键基因的鉴定

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目的:探讨膀胱癌的发病机制,找到与膀胱癌预后和分期相关的关键基因。方法:从GEO数据集下载基因芯片GSE31684,再由Brb-Arraytools进行处理,过滤得到13222个表达基因,将这些基因和临床的症状用“WGCNA”R包进行分析,找到与膀胱肿瘤分期相关性最强的模块,构建共表达网络,并用分子复合物检测技术(MCODE)对关键基因进行了检测,最后用TCGA数据库进行验证。结果:通过分析,获得10个基因表达模块,在Pearson的相关性检验中,蓝色模块与肿瘤分期(cor=0.49),分级(cor=0.29))和盆腔淋巴结转移相关(cor=0.25)),将该模块选出作进一步研究。鉴定出16个关键基因:CDH11、COL3A1、COL6A3、COL5A1、AEBP1、COL1A2、NTM、COL11A1、THBS2、COL8A1、COL1A1、BGN、MMP2、PXDN、THY1和TGFB1I1。这些基因与细胞外胶原纤维组织形成和血管发育等过程有关,经TCGA数据库验证,THY1、AEBP1、CDH11、COL1A1、COL1A2、C0L11A1、MMP2、PXDN、BGN、COL5A1、C0L8A1、TGFB111 的高表达与患者预后不良(P<0.05)相关。此外,我们定义T1、T2期为低分期肿瘤,T3、T4为高分期肿瘤,经过Wilcoxon检验(P<0.05),排除了TGFB1I1。COL5A1、COL8A1对膀胱癌预后的预测最为显著(P值<0.01),可作为该病的药物治疗靶点。利用Cmap匹配肿瘤上调和下调的表达基因,嗓呤霉素可能是治疗膀胱癌的潜在药物(connectivity score=-0.941,p<0.0001,specificity= 0.0299)。通过Sepresa分析,该药物可能会有心脏毒性,可逆性蛋白尿,耳毒性等副反应。结论:通过对膀胱癌的WGCNA分析,我们找到与预后的关键基因COL5A1、COL8A1,可以作为为膀胱肿瘤治疗的潜在靶点,同时,也为进一步了解膀胱癌的发病机制提供理论依据。
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