心性关系是宋明理学家所讨论的重要问题之一，他们对其它问题的研究也是围绕心性问题得以展开。但是随着时代发展和理学内部自身矛盾，被宋明理学家高扬的心体与性体逐渐由形上向形下过渡；心性二元也逐渐向心性一元转变。孙奇逢作为明清之际重要的思想家，是研究宋明理学不可或缺的人物。通过对其心性关系的研究，不仅有助于从横向了解明清之际的时代思潮，而且还可以清楚地观察到宋明理学的总体演变。奇逢的心性论是宋明理学心性论的进一步继承与发展。他取用了宋明理学家所经常使用的“道心人心”、“本心习心”、“天命之性与气质之性”等诸多概念，形成了独特的思想特征。在心学思想当中，他提出“道心人心非一非二”，他承认道心的形上性，同时承认善恶混杂的人欲，坚持本然与实然，形上形下的统一；“念前心，未发之别名也”，在吸取朱王未发已发思想的基础上，对朱王采取双谴双取的态度，他在形式上吸取了阳明的“体用一源”思想，在内容上则吸取朱子的“性体情用”，并且用念前心与天命之性结合起来，使未发已发思想更加具体化；“敬是知之凝然不放处”，在功夫论中，孙奇逢将敬与天理、良知结合起来，丰富和深化了程朱的主敬功夫论。在人性论思想当中，他提出“理通性命，则性即理也”，坚持在心性理一的基础上以心说性，以性说理。在承认人性的超越性的同时，也不否认后天的恶。在心性关系上，他利用对无善无恶的讨论心体与性体之间的关系，他一方面严分心性，认为“心性岂容混一”；另一方面又讲“心性必不容分”，看似矛盾，实际上二者并不矛盾，“心性岂容混一”是指阳明“无善无恶”说心而不是说性，而“心性必不容分”则是指心体至善，是天命之性。并以此为基础，批判告子、释氏的无善无恶论。这些虽然体现了孙奇逢对宋明理学的继承和超越，更为重要的是他利用传统的天理观将心性论结合起来，并以此来补救王学末流的玄虚与荡越之弊。宋明理学对先秦儒学进行了一系列的理论创新，使儒家思想上升到一个新的理论高度，但理学自王学以下，鄙陋日显，尤其是主体解放精神在明末过于显露和张扬，传统的天理观已经随着对朱子理学的消解而消解，对于当时士人己无束缚作用。在明末社会中，既然没有天理的制约，又无上帝做最后的保障，只能造成明末的狂禅派、性情派，对此，孙奇逢将理学心性论与宋明的天理观重新结合起来，以达到对明末儒学的救治。他在坚持心性理一的基础上，强调以心著性，强调性即理，使外在的天理与个体的内在意愿结合起来，达到心、性、理的合一，圆融了宋明理学心性论；在此基础上，以普遍的天理来制约士人的行为，以矫正日下的世风。孙奇逢在对传统心性论继承的基础上进行了一系列的创新，并且在理论层面对王门后学进行补救。但是清初学术并没有像他希望的那样能够健康发展下去，而是不可避免地走上了考证学一路，由于他坚持内在的功夫修养和外在的躬行实践，使得清初北学形成了极为朴实的学风，这也说明了他在一定程度上遏制了王门后学的玄虚与荡越，使得玄虚与情识之弊在清初有所收敛。