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黑颈长尾雉（Syrmaticus humiae）是国家Ⅰ级保护动物，分布范围较小，而且数量很少，属于鸡形目雉科长尾雉属鸟类，《世界自然保护联盟》(IUCN)2000年濒危物种红色名录中列为近危物种，1995年被列入《濒危动植物国际贸易公约》附录Ⅰ。 弄清楚黑颈长尾雉的迁移扩散格局和生境选择，是对黑颈长尾雉实施有效保护的先决条件，而物种的遗传多样性的存在可以维持物种的进化能力。而从分子水平对黑颈长尾雉的研究目前还比较少，本研究采用微卫星ISSR分子标记技术对黑颈长尾雉的亲缘关系和遗传多样性进行分析，为黑颈长尾雉的扩散格局的研究提供分子水平的依据，使我们能更好的保护它，避免这种濒危雉类的灭绝。 本研究使用ISSR分子标记技术对黑颈长尾雉进行分析，引物采用的是哥伦比亚大学公布的100条ISSR通用引物，对25个黑颈长尾雉个体进行扩增，结果有7条引物扩增的结果条带清晰、特异性强、数量丰富而且特异性好，并对样本DNA的浓度、引物浓度以及每一条引物PCR反应的退火温度和循环次数进行梯度条件筛选，建立本实验的最优ISSR-PCR扩增体系，增强ISSR-PCR的稳定性。 研究结果表明有良好的多态性和重复性的7条引物，PCR扩增共产生了100条扩增带，平均每条引物扩增出14.3条，其中88条具有多态性，多态性比率达到88％，表现出来丰富的多态性，检测到的等位基因数Na=1.8800，有效等位基因数Ne=1.4042，Neis基因多样性指数(He)为0.2514，Shannons信息多样性指数(Ⅰ)为0.3916，群体总基因多样性(Ht)为0.2533，群体内基因多样性(Hs)为0.2341，说明黑颈长尾雉群体的遗传多样性水平比较高，而且圈养种群的遗传多样性水平明显低于野外群体的遗传多样性水平，遗传分化值(GST)为0.0757，说明黑颈长尾雉的遗传变异92.43％是来自于种群内部，种群间的遗传变异只有7.57％，大部分遗传变异都是来自于种群内部，基因流(Nm)为6.1022，说明黑颈长尾雉群体间存在一定的基因流。 通过使用Ntsys软件计算其个体间遗传相似系数，对25只黑颈长尾雉进行了聚类分析，其相似系数为0.49-0.86，其中2号个体和17号个体的遗传相似系数最高，达到0.8600，而9号个体和21号个体的遗传相似系数最低，只有0.4900，25个个体可以被分为4个群体。