随着海洋经济的发展和海洋资源开发力度的加大，特别是填海造陆工程对促进当地经济发展，改变土地利用方式、提高土地利用率等都有积极的作用，但是对海洋生态环境的负面影响也不容忽视，有时对海洋生态环境的破坏甚至是相当严重的。围海造地不仅可以吞噬大片的湿地，而且减弱了海流流速，加速淤积，改变底质成份，进而影响了滤食性贝类的养殖。尤其是近年来的沿海滩涂开发利用活动的不断增加，使海洋生态环境问题日益突出，一些海区自然环境出现退化，海洋生物多样性受到严重威胁。随着海洋经济和环境科学的发展，人们对海洋生态系统的研究和认识的深入，海洋工程对海洋生态环境的影响评价越来越受到人们的关注和管理部门的重视。科学地评价和有效地控制海洋工程对海洋生态环境的破坏，对保护海洋生物资源和维护生态平衡，打造山东半岛蓝色经济区、实现对海洋资源的可持续利用，实现海洋经济的健康稳定发展具有非常重要的意义。本文根据生态调查结果和海洋生物历史资料的对比分析，分析评价工程附近海域的生物生态健康状况和生态敏感问题；通过分析研究本海域有关的生态环境调查资料和现场生态调查资料，评价工程附近海域的环境质量现状，结合其它研究专题对工程水动力环境、工程地质、水质污染增量和污染物分布变化等研究成果，分析工程对生态环境因子的主要影响；针对生态敏感问题和生态环境因子变化的资料，分析评价对海洋生物及海域生态产生的生态学影响，进而提出如下保护生态环境的对策与建议：（1）工程的吹填海过程，可伤害浮游于水体中的鱼卵仔鱼。为更好的保护海洋生物资源，吹填作业应避开鱼卵仔鱼的繁殖盛期，尽量选择在秋冬季进行。（2）工程运营期产生的污水需经妥善处理后，进行深水排放，以减轻附近海域的环境压力，避免赤潮的频发。（3）尽量选择产生悬浮泥沙量较小的施工工艺，施工时应尽量选择风浪小的天气进行，以缩小悬浮泥沙的扩散范围，减轻对生物生态环境的影响，减少对海洋生物资源的损失。施工期间需要注意挖泥区的范围，维护单环刺螠保护区的生态环境的稳定。（4）人工放流应避开施工区域，以减少苗种资源的损失。（5）为了维护该海域生态环境的平衡，应按照有关海洋环保法规，加强对排海污染物的控制，减轻陆源污染物对渤海湾近岸海域生态环境的影响。（6）在施工过程中，应加强对船舶污染物中船舶压舱水和燃料油、洗舱水和燃料油等含油污水的达标排放进行监督管理，加强悬浮泥沙等主要污染物的监测，减少环境污染事故的发生。（7）考虑到风险事故可引起工程海域生态环境的严重污染，应针对吹填管破裂、溢油等风险事故，制定应急反应计划和措施，建立快速、科学、有效的事故应急反应体系，一旦发生事故，能迅速有效地做出应急反应，将污染事故可能对生物生态环境造成的损失降到最小程度。