书院是东亚儒学文化圈一种特殊教育文化组织,祭祀是书院的主要功能之一。清代是书院的普及期与流变期。在河南地区,形成了以登封、南阳、襄城、大梁等地书院为中心的洛学文化圈,极大地推动洛学的复兴和河南书院的发展,祭祀是其中重要的组成部分。河南地区书院的祭祀对象除了像宋代书院祭祀儒家的先圣孔子,本门学派的先贤之外,还把地方的乡贤、官员、历史名人、文昌帝君、奎星等也纳入书院的祭祀对象范围之中。一方面展现了祭祀对象的多元化趋势,另一方面极大的突出了洛学文化圈核心人物二程在祭祀序列中的地位,以及与河南文化相关的乡贤、名宦及历史名人的影响。为了纪念这些对象,清代河南书院兴建了大规模的祭祀建筑,如嵩阳书院修建先圣殿祭祀孔子,道统祠专门祭祀尧、禹、周公。同时,在一所书院内不同的祭祀建筑的地位也是各不相同的,充分体现在其布局中,并突出地反映了二程、朱熹等人的地位。清代河南大部分书院还会定期举行祭祀活动。不同的书院对同一祭祀对象的仪式也各不相同,不同祭祀对象各有等级差别,比如嵩阳书院释菜礼祀孔子。其祭品有太牢、少牢、瓜果、香酒等区别。参与祭祀的人员除了书院师生之外,往往还有行政官员,展示了清代河南书院官学化的现象。从总体来看,清代河南书院祭祀的目的大部分都是一致的,表达学生对先圣先贤的尊崇之情、培养学生的儒家道统意识、加强学生的学术凝聚力、激发学生向祭祀对象学习的热情等,以及对书院周边社会有所影响,深刻地展现了祭祀对书院及儒学传播的重要意义。