小环藻属(Cyclotella)物种是常见的硅藻，隶属硅藻门(Bacillariophyta)、中心纲(Centriae)、圆筛藻目(Cosconodiscales)、圆筛藻科(Coscinodiscaceae)，多数生活在大范围淡水环境条件，少数生活在一些咸水湖或者海洋环境中。由于小环藻种类多，种间形态学差异不足，很难准确鉴定，从而导致小环藻物种在分类地位、种间亲缘关系和属内分类标准等问题的确定上存在很多疑问。本文结合使用扫描电子显微镜技术和基因条形码技术，对三种小环藻属物种在亚显微水平上进行形态学分析，确定种间界限;在基因水平上分析其种间、及种内不同地理株系的系统进化关系，并在此基础上探讨了DNA条形码在小环藻物种的分类和鉴定研究中的应用。　　三种小环藻物种的亚显微结构:梅尼小环藻(Cyclotella meneghiniana)的直径范围在5-45μm，壳面的中央区或多或少有点起伏;壳面中央区不规则地分布着小的二氧化硅颗粒，每5μm有5-8个条纹;在壳面和壳套接合处的非条纹区存在着刺状突起，壳面一般只有一个中央支持突，6-13个壳缘支持突。隐秘小环藻(Cyclotella cryptica)的壳面为圆形，几乎平整，直径范围在5-10μm;每一壳面有中央支持突1个和壳缘支持突11-18个。假具星小环藻(Cyclotella pseudostelligera)细胞直径范围在4-10μm，壳面的中央区或多或少有点起伏;壳面中央区分布着小的二氧化硅颗粒，每5μm有15-20个条纹，每个条纹包含两行网纹;壳面不存在中央支持突，每个壳面有6-10个壳缘支持突。每一种小环藻都有单一的唇形突在边缘区向上方向形成一个唇形内裂缝开口。小环藻物种在亚显微水平的共性是:细胞壳面呈圆形，壳面边缘具一个唇形突;存在的差异是:不同物种之间细胞硅质壳面条纹形状和密度不同，中央支持突的存在与否，及不同物种之间数量不同，边缘支持突的位置和数量也不同，壳面中央是否存在硅质颗粒，中央区和边缘区的比例不同。　　18S和rbcL基因与28S和ITS基因相比，保守位点数目较高，变异位点数目较低。在28S(16.52％)和ITS(16.97％)序列中记录到较高的简约性信息位点，比18S(5.53％)和rbcL(7.25％)高。18S、28S、rbcL和ITS的种间遗传距离(p-distance)分别是0.037、0.134、0.063和0.168，18S和rbcL的平均种间遗传距离相对比较低。28S的D1-D2区域和rbcL基因比18SrDNA和ITS rDNA更适合作为小环藻物种分类和鉴定的分子标记。　　系统进化分析显示隐秘小环藻在梅尼小环藻进化枝以外形成单一的进化支，与梅尼小环藻的形成姐妹分支，这意味着隐秘小环藻株系从遗产学角度是单一物种，与梅尼小环藻有着非常近的亲缘关系。另一方面，假具星小环藻不具有中央支持突，而且边缘支持突的数量较少。系统进化发育分析显示假具星小环藻与其他小环藻物种的亲缘关系较远，而与星盘藻属(Discostella)物种有较近的亲缘关系。　　生活在海洋环境的梅尼小环藻直径范围在12-30μm，中央区域几乎平整;壳面边缘区具有相等长度的条纹，每5μm有4-6个条纹，存在刺状突起;每个壳面约有中央支持突2-14个和壳缘支持突16-23个，每一个支持突都围绕着三个围孔。亚显微结构细节分析结果显示，来自海水的梅尼小环藻比淡水的梅尼小环藻具有更大平均直径，以及更多的中央和边缘支持突和不同的条纹形态，具有非常大的亚显微结构差异;但基因序列的系统进化分析显示所有来自淡水和海水的梅尼小环藻聚集在同一进化支上，表明来自完全不同盐度环境的梅尼小环藻尽管具有相当不同的亚显微结构特征，但是具有几乎完全一样的基因序列，可能属于同一物种的不同生态表型。　　采自不同地域的8株梅尼小环藻的28S rDNA和rbcL系统进化与遗传距离。在系统进化分析，28S rDNA系统进化树显示梅尼小环藻进化支分成三个进化分支，rbcL分成四个进化分支，表明不同地理株的梅尼小环藻具有共同的起源，但此后可能由于地理上的隔离而发生了独立的进化。来自世界不同地域的梅尼小环藻28S rDNA序列间的遗传距离为0-5.2％，rbcL序列间的遗传距离是0-0.7％，遗传距离结果表明相同地理株间不存在遗传差异或者遗传差异很小，而不同地理株间的梅尼小环藻存在一定的遗传差异。