以非粮作物菊芋为原料,采用菊芋汁清液和菊芋粉进行了燃料乙醇生产的研究。在菊芋汁清液发酵工艺中,分别采用批式和连续发酵的方式对发酵条件进行优化。批式发酵的结果表明,同步糖化发酵比先糖化后发酵的乙醇得率高,发酵时间短;未经灭菌的菊芋汁与灭菌处理的物料在发酵时没有产生较大的差异。在批式发酵过程中,菊芋汁总糖浓度分别为103 g/L和179g/L时,乙醇浓度分别为50g/L和82 g/L,比分步糖化发酵分别高出15%和8%。在连续发酵过程中应用同步糖化发酵法,当稀释率为0.02h^-1时,乙醇浓度在90 g/L左右达到恒化状态,达到理论转化率的90%。乙醇生产强度和生物量生产强度分别达到2.82 g/L/h和0.53 g dry g/L/h。在菊芋粉带渣发酵工艺中,以60目筛分的菊芋粉为原料,利用一株菊粉酶代谢能力较高且发酵性能优良的克鲁维酵母（Kluyveromyces cicerisporus Y179）,采用同步糖化方法将未经灭菌的菊芋粉直接发酵生成乙醇。结果表明,Y179在好氧条件下培养24h,补料时间控制在第24h时对后续的发酵最有利;在通气量为25 mL/min条件下发酵时间明显缩短,残糖进一步降低,但在不通气条件下糖醇转化率高;添加果胶酶10U/g时不仅大大降低了发酵液的黏度,而且使糖醇转化率得到提高;在最优条件下,发酵终点乙醇浓度为84.0 g/L,为理论值的90.51%。添加营养盐的实验结果表明:（NH₄）2SO₄和尿素对乙醇发酵影响不明显,但磷酸二氢钾的添加可提高终点乙醇浓度和糖醇转化率,最适添加比例为0.15 g/L.综合以上两种工艺,进行了工艺路线探讨,建立了包括种植、粗乙醇、精乙醇生产等环节在内的分布集中式菊芋燃料乙醇产业生态系统,并进行了经济分析。