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目的：本研究采用随机对照试验设计，对长针深刺背俞穴和普通针刺法治疗功能性消化不良（FD）进行临床对比观察，明确长针深刺背俞穴治疗FD的临床疗效。 方法：本研究共纳入受试者60例，按照完全随机入组的方式，分为对照组（n=30）和治疗组（n=30）。治疗组采用长针深刺背俞穴治疗FD的针刺治疗方案，而对照组采用新世纪第2版《针灸治疗学》教材中的针刺治疗方案。组受试者每天接受1次治疗，连续治疗10天为1个疗程，共治疗2个疗程，2个疗程之间休息2天。采用FD临床症状观察表作为主要观察指标，以评价两种针刺方案对FD受试者的临床症状的改善程度。以功能性消化不良生存质量量表(FDDQL)中文版为次要观察指标来评价两种针刺方案对FD受试者生存质量的改善程度。观察节点分别是治疗前、治疗第10次、治疗第20次。采用统计学软件SPSS19.0对数据进行统计学分析。 结果： 1、基线期两组受试者的年龄、性别、病程、临床症状观察表评分、FDDQL评分均无统计学差异（P＞0.05）。 2、两组临床疗效比较：2个疗程后，治疗组和对照组的总有效率分别为89.62％、75.00%，说明两种治法对FD均有较好疗效。两组总体有效率经秩和检验，差异具有统计学意义（p＜0.05），说明治疗组疗效优于对照组。 3、两组治疗前后FD临床症状观察表评分及FDDQL评分比较：治疗组与对照组均有显著性差异（P＜0.05）；说明两种治疗方法均能较好地改善FD受试者的临床症状，并提高FD受试者的生存质量。 4、2个疗程后，治疗组与对照组进行比较，在临床症状观察表评分（P＜0.05），说明治疗组的疗效优于对照组；FDDQL评分（P＞0.05），但治疗组在治疗第2疗程结束后对改善饮食、不适、健康感觉、疾病控制等方面疗效仍优于对照组（P＜0.05），说明对生活治疗改善的某些方面，治疗组优于对照组。 5、试验期间未出现严重不良事件，说明了长针深刺背俞穴的安全性较好。 结论：本临床研究表明应用长针深刺背俞穴治疗功能性消化不良，能获的明显临床疗效，安全性较好，值的推广。