海洋工程的建设大量占用罗源湾浅海尤其是滩涂资源，影响湾内海水自净功能，同时对湾内水文动力造成较大的影响。在建设过程中，局部水域水体悬浮物、石油烃等污染指标加大，在工程建设完工后，整个海湾纳潮量减少，局部海区发生潮流流向、流速的改变。罗源湾水产养殖经过二十多年的发展，养殖容量已趋超饱和。湾内海水富营养化较严重，多点站位无机氮和活性磷酸盐含量劣于第四类《海水水质标准》，且呈逐年上升趋势。从2004年开始，罗源湾海水养殖多次暴发各类危害严重的疾病，如每年春夏和夏秋之际的海水鱼刺激隐核虫病，9-10月间的鲍鱼“高温不适症”，以及近年来危害日趋严重的海水鱼“内脏结节病”，严重影响罗源湾水产养殖的发展。这些疾病的流行和危害伴随着罗源湾涉海工程和水产养殖规模的发展而发展，罗源湾工业开发的进一步发展，势必会进一步挤压湾内水产养殖空间，因此必须对湾内水产养殖重新进行科学规划，科学引导和整治现有的水产养殖业。