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奶水牛子宫内膜炎是奶水牛产后由病原微生物感染引起的一种常见繁殖疾病，常造成受胎率的下降和产犊间隔时期的延长，给奶水牛养殖业造成了严重的经济损失。细菌感染是引起奶水牛子宫内膜炎的主要病原微生物之一，对于产后奶水牛子宫内细菌组成的研究将为临床上奶水牛子宫内膜炎的防治提供相关的理论依据。本论文研究了产后14d健康和患子宫内膜炎奶水牛子宫内细菌组成的差异。首先通过实际操作对比研究了3种从奶水牛子宫内采集粘液的方法;其次对比研究了三种从子宫冲洗液中提取微生物总DNA的方法;最后分别建立了健康和患子宫内膜炎水牛子宫内细菌的克隆文库，并对子宫内的细菌进行了序列比对和系统发育分析。试验结果如下:
1.使用子宫冲洗枪配套喷壶的采样方法适合采集水牛子宫内的粘液，该方法操作简单、对器械要求较低并且采集的样品具有代表性。
2.使用QIAamp DNA stool mini kit和Bead beating结合的方法适合提取子宫冲洗液中微生物总DNA，该方法的DNA浓度可达1000ng/ul，纯度高，并且片段完整性较好，通过PCR检测，所提取的DNA适合进一步的分子生物学研究。
3.产后14天水牛子宫内的细菌主要属于梭杆菌门（Fusobacteria），厚壁菌门（Firmicutes），拟杆菌门（Bacteroidetes），放线菌门(Actinobacteria)和变形菌门（Proteobacteria）。患子宫内膜炎组（M组）中有38.89％克隆的属于梭杆菌门（Fusobaeteria），序列比对分析表明，这些序列和Fusobacterium necrophorum subsp有最高的的相似度(99％)。另外46.67％的克隆属于拟杆菌门（Bacteroidetes），其中Bacteroides heparinolyticus和Porphyromonas levii在这个门中所占比例最大，分别为55.95％和42.86％，属于厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门（Proteobacteri）的克隆较少，所占比例分别为7.22％和6.67％，但是这两个门中的细菌种类相对丰富。仅仅只有0.56％属于放线菌门（Aetinobaeteria）。健康组（H组）中，26.56％的克隆属于梭杆菌门（Fusobacteria），并且和Fusobacterium necrophorum subsp的相似度最高(99％)，32.81％的克隆属于Firmicutes，这些克隆中的61.9％与Clostridium cadaveris的相似性最高（≧97％），35.94％的克隆属于Bacteroidetes，其中56.52％的序列与Bacteroides heparinolyticus相似性最高(99％)。克隆中属于Proteobacteria(4.69％)的比例较低。结果表明Fusobacterium necrophorum subsp、Bacteroidesheparinolyticus和Porphyromonas levii可能是引起水牛产后子宫内膜炎的主要致病菌，厚壁菌门细菌Clostridium cadaveris，拟杆菌门细菌Porphyromonas somerae、Bacteroides pyogenes可能有利于子宫内膜的恢复。