近年来随着高校规模的扩大,国家对教育的投入也逐步增加,高等院校的经济活动呈现出多样化和复杂化的趋势,但是高等院校财务管理不规范的现象时有发生,管理风险也日益加大,社会各界对高等院校高度关注,因此高校领导干部经济责任审计逐渐的受到了学校、上级部门及社会各界的重视,但经济责任审计只是在中国才有的一种特有的审计形式,它的一些审计理论和审计实践都还处于探索阶段,操作方法和评价体系都还不成熟,高校领导干部经济责任审计在目前阶段的实践当中存在一系列的问题。因此,笔者在此基础上选择这一问题进行研究。首先,文章在对高校领导干部经济责任审计概念及理论阐述的基础上,通过问卷调查及电话访谈,了解高校领导干部经济责任审计存在的普遍问题,然后结合对W高校校长经济责任审计这一具体现实案例进行分析以及与我国当前高校领导干部经济责任审计的现实研究,本文认为高校领导干部经济责任审计中存在的主要问题有:领导干部责权不明确,相关经济责任制度法律法规不健全,经济责任制度评价体系不健全,先审后离落实不彻底等。然后,在以上问题分析的基础上,本文提出几点加强高等学校领导干部经济责任审计的对策:一是要提高对高校领导干部经济责任审计的认识,二是要加强对高校领导干部经济责任审计结果的有效合理运用,三是要完善高校领导干部经济责任审计的一些相关法规制度以及评价体系的建设。