地方政府合作是指不具有隶属关系的地方政府之间的合作,主要有两种情况：一是同级地方政府之间的合作；二是不同级但没有隶属关系的地方政府之间的合作。本文基于核心概念的界定,以新制度经济学中的交易费用理论为研究视角,采用了文献分析,理论分析,案例分析等方法对区域环境治理中的地方政府合作机制进行研究,旨在完善政府合作机制,推动区域环境治理。对政府合作过程进行了分析,探讨了政府合作的主体、利益相关者以及合作环境,在威廉姆森建立的交易费用理论框架的基础上构建了政府合作理论模型,并对政府合作过程中产生的四类交易费用及其作用机制进行了探讨。研究发现,在交易费用影响政府合作进程的同时,各类交易费用之间也存在相互影响、相互制约的关系。某项交易费用的适度提高可能有助于其他交易费用的降低,因此,单项交易费用的最小化不是政府合作的最终目的,地方政府在考虑合作成本时应该追求的目标是各项交易费用总和最小。在合作净收益为正数的情况下,地方政府才会选择合作,当总体收益和生产成本不变时,交易费用越低,地方政府从合作中获得的净收益越高,参与合作的积极性也就越高。本研究的特色是选取交易费用理论视角进行研究。基于理论分析和案例分析,提出了完善区域环境治理中地方政府合作机制的政策建议,即首先要构建完善的政府间信息交流平台,降低合作各阶段的信息费用；其次要建立和完善利益共享和补偿机制,降低缔约费用；然后要从决策机构和执行机构两个层面建立促进政府合作的组织机构,减少机会主义行为的发生,降低控制费用；同时要提升非营利组织和公众的参与程度,降低协调费用；最后要完善政府合作监督机制和相关法律体系,减少监督费用。