近年来，农民专业合作社作为一种将农民组织起来进入市场的制度安排在重庆呈现蓬勃发展的态势，并且在发展现代农业、提高农民收入水平、繁荣农村经济方面开始发挥积极的作用。但是，重庆的农民专业合作社仍然处在初级阶段，多数农民专业合作社仍然不规范。针对目前重庆市农民专业合作社发展过程中暴露出来的问题，本文期望借鉴有关研究成果，揭示产生这些问题的原因，从而有针对性地制订促进农民专业合作社健康持续发展的对策措施。　　 本文在对合作社有关文献进行回顾和评述的基础上，基于不同层面的实地调查数据与资料，描述和分析重庆市农民专业合作社的发展现状，揭示重庆市农民专业合作社发展中存在的问题；在此基础上，进一步探讨了重庆市农民专业合作社发展不规范的主要原因及其影响；最后，就如何促进重庆市农民专业合作社的健康发展提出总体的思路和对策。　　 本文的主要结论是：重庆的农民专业合作社的发展已经开始走向深入规范发展阶段，在农民专业合作社规范发展的过程中，完善治理结构、提升合作层次和强化合作机制将是重点。为此，有关部门需要从解决“瓶颈”制约入手，努力开创一个适应现代农业发展要求的农业组织化新局面，重点做好以下几个方面：围绕各地有区域比较优势的主导产业发展农民专业合作社；着力构建“专业农户+专业合作社+专业加工企业+专业行业协会”的以专业合作为主线的“四位一体”农业组织化体系；引导多元发展，注重规范建设；加大支持力度，强化宣传培训；强化服务指导，促进作用发挥等。