流域是一个范围概念，指河流、湖泊的干、支流所覆盖的水域和沿岸的各相关要素共同组成的自然单元。水的流动性将流域范围内的各要素联系为一个统一的整体，流域范围内各要素相互关联，密不可分。然而，当今以设置行政区域对流域进行分割管理的管理模式是不符合自然规律要求的。现今世界各国家普遍实行的行政区域的设置割裂了流域的整体性特征，给流域管理带来很大的阻碍。这样的管理模式很容易出现使流域范围内各行政区域利益方相互抢夺流域内水资源等公共资源以及向流域内排污而不用付出相应的代价等问题。因此，对流域的管理需要遵循流域的整体性这一自然规律，要以整个流域为管理对象进行规划管理。这就要求打破传统行政区域的限制，建立以整个流域为管辖范围的流域管理机构。流域管理机构的法律职责设置是流域管理的核心问题，在宏观上，它可以决定一个流域的管理模式；在具体的流域管理中，它决定着流域管理机构在流域管理中发挥的作用。现阶段由于我国关于流域管理的法律法规不够健全等原因，我国流域管理机构的法律职责存在很多问题。这些问题主要体现在两个方面：在法律授权方面，我国法律法规对流域管理机构具体法律职责的规定不够明确和规范，这使我国流域管理机构在流域管理中出现法律地位不够明确、与其他部门权力交叉、难以参与流域水污染管理等问题。在实践管理方面，我国流域管理机构在实践中一直实施的一些管理行为和活动是缺乏法律依据的，这不符合依法行政的原则。完善我国流域管理机构法律职责须要对我国相关流域管理的法律法规进行修订和整合，完善我国流域管理法律体系。完善我国流域管理法律体系要把握好目标和方向，为我国流域管理机构法律职责的完善提供良好的环境和空间。在具体措施上要优先解决我国流域管理机构现阶段迫切需要解决的问题，如增加我国流域管理机构参与流域水污染防治的具体途径、避免我国法律法规对多个涉水部门的重复授权、区分流域管理机构和地方水政机关的职责和地位等。除了对流域管理法律法规的整合与修订，完善我国流域管理机构法律职责还需要完善相关的流域管理机制，如确立流域管理机构的权威地位、构建民主、科学的流域决策机制、使用流域经济调控机制等。这些流域管理机制与流域管理机构法律职责密切相关，有些流域管理机制的构建需要流域管理机构发挥主要作用，还有些流域管理机制的运行需要流域管理机构监督和管理。我国在构建流域管理机制方面还缺乏相应的经验，为此我们可以借鉴一下国外一些流域管理机构的做法。