近年来,我国与菲律宾在南海围绕岛屿主权争端不断,并引发多处争议海域执法冲突。2013年南海仲裁案中,面对菲方刻意“包装”的15项诉求,仲裁庭在超出管辖权范围内违法操作,作出明显具有“偏袒性”的不合理裁判,并对《联合国海洋法公约》作出歪曲性解释,支持菲律宾的主张。面对菲律宾对我国南海争议海域执法活动的不当指控,坚定维护南海争议海域执法权的基本立场。我国在南海争议海域的执法活动主要以定期巡航、专项巡航、打击违法犯罪为主。内容既符合国内法,同时也符合国际法,更不存在违反《公约》的情形。为了解决中菲南海争议海域执法冲突,本文通过研究双方的海洋执法体制,分析对比各国之间海洋纠纷案例,从中探寻弥平歧义、化解冲突的方法。一方面要完善相关国内法,充分与国际法相衔接,使得我国的南海执法有充分的法律依据;加强我国海洋执法队伍的建设;设置专门的南海海事审判机构,将执法争端纳入海事法院的受案范围,增强中国海事司法的国际影响力;专门设置“中国海事仲裁委员会南海分中心”另一方面,积极构建中菲南海争议海域执法冲突的协调机制,设立专门的执法冲突解决机构,可以通过调解、和解、斡旋、仲裁等多种方式,和平化解南海争议海域的执法冲突;双方也可以通过和平谈判单达成有拘束力的协定,然后根据协定建立相应的组织机构开展执法合作。