两权分离促进了企业的发展，也带来了委托代理问题。委托代理理论便是在两权分离理论的基础上提出的。在两权分离的背景下，所有者是委托人，经营者是代理人，委托人不再对企业进行经营管理，而是委托代理人经营公司，这便形成了委托代理关系。
　　委托代理理论产生于20世纪30年代，主要研究所有者和管理者之间的委托代理关系。20世纪30年代，美国经济学家伯利和米恩斯因为洞悉企业所有者与经营者合一状况存在着极大的弊端，于是提出“委托代理理论”，倡导所有权和经营权分离，企业所有者保留剩余索取权，而将经营权让渡给职业经理人进行经营管理。但所有者与管理者追求不同的目标，而且二者在企业经营管理信息上存在严重的信息不对称，尤其是当二者之间存在利益冲突时，管理者可能背离所有者的意愿，为了追求自身利益而损害所有者利益，这样就产生了第一类委托代理问题。所有者可以对经营者采取激励与监督的措施来解决这种委托代理问题，而激励和监督必然会产生代理成本。
　　在现代企业中，往往还存在第二类代理问题，即大股东与小股东之间的代理问题。在股权过度集中时，股权往往掌握在少数人手里，在这种情况下，大股东与小股东之间的委托代理问题便会成为委托代理的核心问题。控股股东可以决定企业的经营决策，与小股东之间存在严重的信息不对称。理性的经济人都会追求自身利益最大化。在股权集中的企业，大股东往往为了自身利益而侵占小股东利益。
　　股权集中可以在一定程度上解决第一类委托代理问题，但是股权过于集中，又可能会产生第二类委托代理问题。由此可以看出，适度集中的股权结构才是企业的最佳选择，在股权集中的同时，也需要适度的股权制衡。另一方面，内部控制可以在一定程度上减少委托代理问题，降低代理成本，提高企业经营绩效。
　　内部控制不仅可以通过保障高质量的会计信息，间接为所有者提供可靠的信息来源，也可以通过保障查阅资料的完整性以及提供畅通的信息沟通渠道，保障所有者直接获取企业信息。而所有者决策权要想顺利实现，直接取决于企业决策环境的支持以及所有者知情权的实现。内部控制还可以通过降低代理成本以及提高经营效益直接作用于所有者收益权的实现。
　　股权结构是委托代理问题产生的根本原因。股权结构和内部控制之间存在着某种相关性。作为股权结构的一个重要方面，股权集中度可以体现控股股东对企业的控制能力和影响能力。尽管很多国外文献研究发现，股权集中度与企业经营绩效显著负相关，但是在与西方国家情况不同的现实背景下，西方国家的股权分散制度不一定符合我国的具体情况。这是因为，一方面，我国内部控制体制尚不完善，适当的股权集中可以增强股东利益与企业利益的联系，控股股东为了自身利益，会增强对内部控制有效性的重视程度，加强对管理层的监督与制约，避免管理层凌驾于内部控制之上的风险，这在一定程度上有利于内部控制有效性的提高。另一方面，在我国现实法律背景下，存在一些不够理性的投资者，小股东只关注手中股票的价差、股息红利，而不关注对管理者的监督，使得管理者有更多的机会为了自身利益而损害企业利益，而适当的股权集中可以在一定程度上减少小股东的“搭便车”行为，提高企业的治理能力，对内部控制有效性的提高产生积极影响。
　　股权制衡作为股权结构的另一重要方面，可以在一定程度上减少股权集中的弊端。在多个大股东相互制约的情况下，一方面，单个股东不再拥有对企业的绝对控制权，股东之间的利益相互制衡，可以抑制大股东通过操纵管理层来影响内部控制的建设和执行，以及直接参与和决定内部控制的行为，避免由此导致的内部控制缺陷。另一方面，多个股东共同监督管理层，共同影响和监督内部控制的设计和实施，可以避免因管理层凌驾于内部控制之上而带来的内部控制缺陷。因此，有效的股权制衡机制可以方便股东有效地监督和影响管理层，有利于促进内部控制的建立、健全和有效执行。