本文的研究内容主要有两个部分，一是对DNA粗粒化模型的讨论，二是运用分子动力学方法模拟DNA的穿孔行为。首先，研究探讨了几种DNA粗粒化模型,分析了各DNA粗粒化模型的哈密顿量及其适用条件。通过分析得到：核苷酸的3点粗粒化模型（3SPN）主要研究的是稀溶液平衡态时双链DNA的熔融性质；各向异性粗粒化模型在研究非标准的B型DNA及其构象转变、链扭转等问题时，有特殊的优势；分子重置化粗粒化方法（MRG-CG）极大的减少了系统自由度的同时，也很好的保留了DNA链的某些力学和结构性质。其次，采用分子动力学方法研究了DNA分子穿孔行为，这里主要在Linux环境下用FORTRAN编程语言进行了模拟。研究发现，不同的孔径、不同的孔内拉力、不同孔长及孔左右力场的变化对DNA穿孔时间有不同的影响，其中孔右侧力场对穿孔时间影响显著，某种程度上对穿孔过程起决定性作用。这个结果对研究DNA快速穿孔有一定的参考意义。本文对DNA粗粒化模型和模拟DNA穿孔行为这两个方面的研究，为DNA高分子的模拟提供了一定的参考，进一步加深了对DNA分子穿孔行为的了解。