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为测量大型舰船甲板的变形，对甲板变形引起的局部姿态误差进行补偿，设计了基于多IMU数据融合的全舰统一姿态基准测量系统．提出了甲板变形测量方法，建立了IMU布局优化数学模型，并运用遗传算法对IMU的布局进行了优化求解．仿真结果表明，建立全舰统一姿态基准测量系统是测量舰船甲板变形的有效办法，利用布局优化后IMU的输出信息进行全舰甲板变形估计，估计精度优于2.3arcmin，并能减少舰载武器系统所需IMU的数量．