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在深入研究Nios自定制指令的软硬件接口的基础上，利用Matlab／DSPBuilder建立快速傅里叶变换FFT核心运算指令基本模型，然后用Altera公司提供的Singacompiler工具对其进行编译，产生QuartusII能够识别的VHDL源程序，并将此程序在Nios中自定制成相关的FFT运算指令。利用自定制的FFT运算指令，在Nios中利用C语言编写基于Nios的FFT算法程序，实现了FFT运算的软硬件协同设计。经测试表明，将FFT算法加入到Nios嵌入式处理器指令集中，可以帮助系统完成复杂的数据